+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9gu0 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human adult muscle nAChR in resting state in detergent with alpha-bungarotoxin | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Ligand-gated ion channel / nicotinic receptor / pLGIC / cys-loop receptor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine receptor inhibitor activity ...postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine receptor inhibitor activity / behavioral response to nicotine / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / muscle cell development / ion channel regulator activity / acetylcholine binding / nervous system process / synaptic transmission, cholinergic / monoatomic cation transmembrane transporter activity / acetylcholine receptor signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / neuromuscular process / neuromuscular junction development / muscle cell cellular homeostasis / monoatomic cation transport / membrane depolarization / skeletal muscle contraction / neuronal action potential / muscle contraction / bioluminescence / regulation of membrane potential / generation of precursor metabolites and energy / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to nicotine / neuromuscular junction / neuron cellular homeostasis / transmembrane signaling receptor activity / channel activity / toxin activity / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / cell surface / signal transduction / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
![]() | Li, A. / Pike, A.C.W. / Chi, G. / Webster, R. / Maxwell, S. / Liu, W. / Beeson, D. / Sauer, D.B. / Dong, Y.Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the human adult muscle-type nicotinic receptor in resting and desensitized states. 著者: Anna Li / Ashley C W Pike / Richard Webster / Susan Maxwell / Wei-Wei Liu / Gamma Chi / Jacqueline Palace / David Beeson / David B Sauer / Yin Yao Dong / ![]() 要旨: Muscle-type nicotinic acetylcholine receptor (AChR) is the key signaling molecule in neuromuscular junctions. Here, we present the structures of full-length human adult receptors in complex with ...Muscle-type nicotinic acetylcholine receptor (AChR) is the key signaling molecule in neuromuscular junctions. Here, we present the structures of full-length human adult receptors in complex with Fab35 in α-bungarotoxin (αBuTx)-bound resting states and ACh-bound desensitized states. In addition to identifying the conformational changes during recovery from desensitization, we also used electrophysiology to probe the effects of eight previously unstudied AChR genetic variants found in patients with congenital myasthenic syndrome (CMS), revealing they cause either slow- or fast-channel CMS characterized by prolonged or abbreviated ion channel bursts. The combined kinetic and structural data offer a better understanding of both the AChR state transition and the pathogenic mechanisms of disease variants. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 728.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 470.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 137.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Acetylcholine receptor subunit ... , 4種, 5分子 ALBDE
#1: タンパク質 | 分子量: 49747.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 54596.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 56915.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 80603.750 Da / 分子数: 1 Mutation: EGFP insertion between residues R344 and A345 in the M3-M4 intracellular loop 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: CHRNE, ACHRE, GFP / プラスミド: TLCV2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: ![]() |
---|
-タンパク質 , 1種, 2分子 JI
#7: タンパク質 | 分子量: 8005.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P60615 |
---|
-抗体 , 2種, 4分子 CGFH
#3: 抗体 | 分子量: 23392.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #6: 抗体 | 分子量: 23879.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-糖 , 6種, 7分子 
#8: 多糖 | #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1276.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #11: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #12: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #13: 糖 | ChemComp-NAG / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|---|
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Human adult muscle nAChR in resting state in detergent with alpha-bungarotoxin タイプ: COMPLEX / 詳細: nAChR in complex with alpha-bungarotoxin and Fab35 / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.402 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.013% DDM, 0.0013% CHS | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.68 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.35 K / 詳細: blot time 2s, blot force -10 |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS / 詳細: objective aperture 70 um |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.71 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18672 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1249235 / 詳細: Extracted by topaz picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31022 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Non-uniform refinement / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Initial fitting of alphafold models using chimeraX followed by manual rebuilding in COOT and final refinement in ISOLDE and PHENIX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 116.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|