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万見
- PDB-9gtp: Cryo-EM structure of a contractile injection system in Streptomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gtp
タイトルCryo-EM structure of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor, the baseplate complex in extended state applied 6-fold symmetry.
要素
  • (Phage tail protein) x 2
  • Baseplate protein J-like domain-containing protein
  • IraD/Gp25-like domain-containing protein
  • LysM domain-containing protein
  • Phage tail sheath family protein
  • Secreted protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Contractile injection system
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic endotransglycosylase activity / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family, phage tail-like / Conserved hypothetical protein CHP02243 / Tail protein I / Phage tail protein (Tail_P2_I) / : / Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Conserved hypothetical protein CHP02241 ...Uncharacterised protein family, phage tail-like / Conserved hypothetical protein CHP02243 / Tail protein I / Phage tail protein (Tail_P2_I) / : / Contractile injection system tube protein, N-terminal domain / Contractile injection system tube protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Phage tail sheath family protein / Phage tail protein / Phage tail protein / LysM domain-containing protein / IraD/Gp25-like domain-containing protein / Baseplate protein J-like domain-containing protein / Secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Casu, B. / Sallmen, J.W. / Haas, P.E. / Afanasyev, P. / Xu, J. / Schlimpert, S. / Pilhofer, M.
資金援助 スイス, European Union, 英国, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T015349/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X01097X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Firing and cellular function of the Streptomyces coelicolor contractile injection system require the membrane protein CisA
著者: Casu, B. / Sallmen, J.W. / Haas, P.E. / Afanasyev, P. / Xu, J. / Schlimpert, S. / Pilhofer, M.
履歴
登録2024年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
o: Phage tail protein
1h: Phage tail sheath family protein
1K: Baseplate protein J-like domain-containing protein
P: LysM domain-containing protein
2K: Baseplate protein J-like domain-containing protein
E: Secreted protein
V: IraD/Gp25-like domain-containing protein
a: Phage tail protein
2i: Phage tail sheath family protein
3i: Phage tail sheath family protein
p: Phage tail protein
1i: Phage tail sheath family protein
1L: Baseplate protein J-like domain-containing protein
Q: LysM domain-containing protein
2L: Baseplate protein J-like domain-containing protein
F: Secreted protein
W: IraD/Gp25-like domain-containing protein
b: Phage tail protein
2j: Phage tail sheath family protein
3j: Phage tail sheath family protein
k: Phage tail protein
1j: Phage tail sheath family protein
1G: Baseplate protein J-like domain-containing protein
R: LysM domain-containing protein
2G: Baseplate protein J-like domain-containing protein
A: Secreted protein
X: IraD/Gp25-like domain-containing protein
c: Phage tail protein
2e: Phage tail sheath family protein
3e: Phage tail sheath family protein
l: Phage tail protein
1e: Phage tail sheath family protein
1H: Baseplate protein J-like domain-containing protein
M: LysM domain-containing protein
2H: Baseplate protein J-like domain-containing protein
B: Secreted protein
S: IraD/Gp25-like domain-containing protein
d: Phage tail protein
2f: Phage tail sheath family protein
3f: Phage tail sheath family protein
m: Phage tail protein
1f: Phage tail sheath family protein
1l: Baseplate protein J-like domain-containing protein
N: LysM domain-containing protein
2l: Baseplate protein J-like domain-containing protein
C: Secreted protein
T: IraD/Gp25-like domain-containing protein
e: Phage tail protein
2g: Phage tail sheath family protein
3g: Phage tail sheath family protein
n: Phage tail protein
1g: Phage tail sheath family protein
1J: Baseplate protein J-like domain-containing protein
O: LysM domain-containing protein
2J: Baseplate protein J-like domain-containing protein
D: Secreted protein
U: IraD/Gp25-like domain-containing protein
f: Phage tail protein
2h: Phage tail sheath family protein
3h: Phage tail sheath family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,442,62460
ポリマ－2,442,62460
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 7種, 60分子 opklmn1h2i3i1i2j3j1j2e3e1e2f3f1f2g3g1g2h3h1K2K1L2L1G2G...

#1: タンパク質
Phage tail protein


分子量: 16493.668 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0N9
#2: タンパク質
Phage tail sheath family protein


分子量: 57009.609 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0N8
#3: タンパク質
Baseplate protein J-like domain-containing protein


分子量: 70889.352 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0P7
#4: タンパク質
LysM domain-containing protein


分子量: 25716.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0P4
#5: タンパク質
Secreted protein


分子量: 20282.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0P8
#6: タンパク質
IraD/Gp25-like domain-containing protein


分子量: 16609.537 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0P6
#7: タンパク質
Phage tail protein


分子量: 15194.927 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9L0P3

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The baseplate module applied 6-fold symmetry of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22980 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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