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万見
- PDB-9grd: Cryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9grd
タイトルCryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with cobalt ions in the active site
要素Xylose isomerase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / cobalt / isomerase / sugars / glucose / xylose / metal ion / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Slawek, J. / Klonecka, A. / Rawski, M. / Kozak, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2020/39/O/ST4/03465 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with cobalt ions in the active site
著者: Slawek, J. / Klonecka, A. / Kozak, M. / Rawski, M.
履歴
登録2024年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
B: Xylose isomerase
C: Xylose isomerase
D: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,60512
ポリマ－173,1334
非ポリマー4718
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "D"
d_3ens_1chain "A"
d_4ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASNASNGLYGLYBB2 - 3882 - 388
d_12COCOCOCOBG401
d_21ASNASNGLYGLYDD2 - 3882 - 388
d_22COCOCOCODK401
d_31ASNASNGLYGLYAA2 - 3882 - 388
d_32COCOCOCOAE401
d_41ASNASNGLYGLYCC2 - 3882 - 388
d_42COCOCOCOCI401

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99999988984651, -0.00042539133949005, -0.00019836627442113), (-0.00042541082872778, 0.99999990468953, 9.82169047822E-5), (0.00019832447489406, 9.8301281124458E-5, -0.99999997550213)215.11187896574, 0.025037198893116, 213.33139539508
2given(0.99999971746825, -0.00073581856300251, 0.0001537350512427), (-0.00073581419882164, -0.99999972888421, -2.8442308246998E-5), (0.00015375593794109, 2.8329179777582E-5, -0.99999998777828)0.040283859600507, 215.1270196003, 213.33963104033
3given(-0.99999997441872, 8.0788661494572E-5, 0.00021127175606889), (-8.081547929285E-5, -0.99999998867886, -0.000126929628609), (0.00021126149920226, -0.0001269466993902, 0.99999996962656)215.00877271616, 215.06282681635, -0.0041426479174191

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要素

#1: タンパク質
Xylose isomerase


分子量: 43283.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / Plasmid details: Hampton Research / 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: glucose/xylose isomerase with cobalt ions / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.043 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM PBS pH 7.4
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: Phosphate-buffered saline / 式: PBS
試料濃度: 1.04 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIXモデル精密化
3EPU画像取得
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 33650959
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 1.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1772170 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 58.71 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005212472
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.807516884
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04641740
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00882300
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0991724
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.4998812033063E-12
ens_1d_3BBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.1595545168724E-12
ens_1d_4BBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.1454147921618E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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