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- PDB-9gp7: Cryo EM structure of the E307T mutant of the human P2X4 receptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gp7
タイトルCryo EM structure of the E307T mutant of the human P2X4 receptor in complex with the anthraquinone derivative PSB-0704
要素P2X purinoceptor 4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / P2X4 / receptor / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception of touch / positive regulation of microglial cell migration / Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / regulation of chemotaxis / positive regulation of prostaglandin secretion / Elevation of cytosolic Ca2+ levels ...sensory perception of touch / positive regulation of microglial cell migration / Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / regulation of chemotaxis / positive regulation of prostaglandin secretion / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / tissue homeostasis / response to fluid shear stress / positive regulation of calcium ion transport / ligand-gated calcium channel activity / relaxation of cardiac muscle / endothelial cell activation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / response to ATP / cellular response to ATP / cellular response to zinc ion / behavioral response to pain / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / membrane depolarization / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of cardiac muscle contraction / response to axon injury / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / regulation of sodium ion transport / sensory perception of pain / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to ischemia / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / regulation of blood pressure / calcium ion transmembrane transport / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cell junction / cell body / monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynapse / cadherin binding / copper ion binding / signaling receptor binding / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X4 purinoceptor / : / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / P2X purinoceptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Nagel, J. / Vaaen, V. / Torp, J. / Geyer, M. / Claff, T. / Hagelueken, G. / Mueller, C.E.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 1328 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research0315606B ドイツ
European Cooperation in Science and Technology (COST) actionCA21130European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of an allosteric P2X receptor binding site for anthraquinones by a chimeric approach combined with computational studies, bump-and-hole mutagenesis, and cryo-electron microscopy
著者: Nagel, J. / Weinhausen, S. / Namasivayam, V. / Baqi, Y. / Al Musawi, H.A.M. / Abdelrahman, A. / Vaassen, V. / Schlegel, J. / Taplick, L. / Torp, J. / Kubicek, J. / Maertens, B. / Geyer, M. / ...著者: Nagel, J. / Weinhausen, S. / Namasivayam, V. / Baqi, Y. / Al Musawi, H.A.M. / Abdelrahman, A. / Vaassen, V. / Schlegel, J. / Taplick, L. / Torp, J. / Kubicek, J. / Maertens, B. / Geyer, M. / Claff, T. / Hagelueken, G. / Mueller, C.E.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 4
B: P2X purinoceptor 4
C: P2X purinoceptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,32712
ポリマ－138,9103
非ポリマー3,4179
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 4 / P2X4 / ATP receptor / Purinergic receptor


分子量: 46303.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RX4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99571
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-A1INJ / 1-azanyl-4-[(3-carboxy-4-phenylazanyl-phenyl)amino]-9,10-bis(oxidanylidene)anthracene-2-carboxylic acid


分子量: 493.467 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H19N3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human P2X4 receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79284 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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