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万見
- PDB-9gni: NONO/SFPQ filament: composite structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gni
タイトルNONO/SFPQ filament: composite structure
要素
  • Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
  • Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / filament / RNA binding / DNA binding / gene regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / paraspeckles / chromosome organization / activation of innate immune response / double-strand break repair via homologous recombination ...dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of circadian rhythm / alternative mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / paraspeckles / chromosome organization / activation of innate immune response / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of circadian rhythm / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / nuclear matrix / fibrillar center / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / chromatin remodeling / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / dendrite / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
p54nrb, RNA recognition motif 1 / PSF, RNA recognition motif 1 / PSF, NOPS domain / NOPS / NOPS (NUC059) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-POU domain-containing octamer-binding protein / Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Rasmussen, T. / Bottcher, B.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)359471283 ドイツ
German Research Foundation (DFG)456578072 ドイツ
German Research Foundation (DFG)525040890 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: A filamentous scaffold for gene regulation
著者: Rasmussen, T. / Kuspert, J. / Schonemann, L. / Geiger, D. / Bottcher, B.
履歴
登録2024年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
AB: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
AC: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
AD: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
AE: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
AF: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
AG: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
AH: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
BA: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
BB: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
BC: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
BD: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
BE: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
BF: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
BG: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
BH: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
CA: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
CB: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
CC: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
CD: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
CE: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
CF: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
CG: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
CH: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
DA: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
DB: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
DC: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
DD: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
DG: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
DH: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2
DE: Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)
DF: Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,086,40032
ポリマ－2,086,40032
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Splicing factor proline/glutamine rich (polypyrimidine tract binding protein associated)


分子量: 75880.156 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A8C2LX33
#2: タンパク質
Non-POU domain-containing octamer-binding protein isoform X2 / Non-POU-domain-containing / octamer binding protein


分子量: 54519.828 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A8C2L8F1
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NONO/SFPQ filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMEDTAC10H16N2O81
40.03 %DDMC24H46O111
510 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: filaments were obtained by concentrating the sample to 1 mg/ml
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 5 sec blotting time, +20 blot force

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6.2 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17059
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 5 eV

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4144650 / 詳細: blob picker
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2974535 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: This is a composite map produced with Phenix "combine focused maps" (1.20.1) with EMD-51413 (overall consensus map), EMD-51417 and EMD-51418 (focused maps of single strands), EMD-51438 and ...詳細: This is a composite map produced with Phenix "combine focused maps" (1.20.1) with EMD-51413 (overall consensus map), EMD-51417 and EMD-51418 (focused maps of single strands), EMD-51438 and EMD-51439 (focused maps of central units from single strands)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 150 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: initially the crystal strucutre model of the heterodimer (PDB 6WMZ) was used for rigid fitting for the focused maps and further refined. The complete dimers of the focused models (PDB 9GLC ...詳細: initially the crystal strucutre model of the heterodimer (PDB 6WMZ) was used for rigid fitting for the focused maps and further refined. The complete dimers of the focused models (PDB 9GLC and 9GLD) were used as templates for 4 repeats of the filament in the composite map (also containing the RRM1 domains by rigid fitting) to represent the biological assembly.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-ID詳細Initial refinement model-ID
16WMZ

6wmz

A6WMZASFPQ1
26WMZ

6wmz

B6WMZBNONO1
39GLC

9glc

BC9GLCBCSFPQ2
49GLC

9glc

BE9GLCBESFPQ2
59GLC

9glc

BD9GLCBDNONO2
69GLC

9glc

BF9GLCBFNONO2
79GLD

9gld

AA9GLDAASFPQ3
89GLD

9gld

BG9GLDBGSFPQ3
99GLD

9gld

AB9GLDABNONO3
109GLD

9gld

BH9GLDBHNONO3
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00375766
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.577101408
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.68410110
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03910456
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00413669

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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