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- PDB-9gae: Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gae
タイトルRespiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacterium
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase subunit ...) x 3
  • (NADH-quinone oxidoreductase subunit ...) x 10
  • Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c, class I
  • Cytochrome c1
  • ETC complex I subunit conserved region
  • NAD-dependent epimerase/dehydratase
  • NADH-quinone oxidoreductase
  • NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit
  • Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
  • Zinc finger CHCC-type domain-containing protein
  • cytochrome-c oxidase
キーワードELECTRON TRANSPORT / Supercomplex / multi-subunit membrane protein complex / electron transport chain / native purification
機能・相同性
機能・相同性情報


active transmembrane transporter activity / organelle envelope / protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / membrane protein complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / aerobic electron transport chain ...active transmembrane transporter activity / organelle envelope / protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / : / membrane protein complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / NADH dehydrogenase complex / aerobic electron transport chain / respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / monoatomic cation transmembrane transporter activity / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / : / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / NADH dehydrogenase activity / organelle membrane / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / catalytic complex / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / endomembrane system / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / methylation / oxidoreductase activity / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / protein-containing complex binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase (PCMT) / Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 ...Cytochrome c oxidase, subunit IV, bacterial aa3 type / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Bacterial aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase / Protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase (PCMT) / Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Cytochrome b / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome c / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / : / SLBB domain / : / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / Rieske [2Fe-2S] domain / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH dehydrogenase, subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / Chem-DU0 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / Chem-DU0 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-P5S / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-PGT / IRON/SULFUR CLUSTER / Phosphatidylinositol / UBIQUINONE-10 / Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit / ETC complex I subunit conserved region / Cytochrome c, class I / Zinc finger CHCC-type domain-containing protein / Cytochrome c oxidase subunit 1 / NADH-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit M / NADH dehydrogenase subunit L / NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NADH-quinone oxidoreductase subunit I / NADH-quinone oxidoreductase subunit H / NADH-quinone oxidoreductase / NADH-quinone oxidoreductase subunit F / NADH dehydrogenase subunit E / NADH-quinone oxidoreductase subunit D / NADH-quinone oxidoreductase subunit C / NADH-quinone oxidoreductase subunit B / NADH-quinone oxidoreductase subunit A / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1 / Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yaikhomba, M. / Hirst, J. / Croll, T.I. / Spikes, T.E. / Agip, A.N.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 and MC_UU_00028/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Entire structure of ancestral alphaproteobacterial complex I reveals the mechanism to prevent its deactivation
著者: Yaikhomba, M. / Hirst, J. / Croll, T.I. / Spikes, T.E.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-quinone oxidoreductase subunit A
B: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
C: NADH-quinone oxidoreductase subunit C
D: NADH-quinone oxidoreductase subunit D
E: NADH dehydrogenase subunit E
F: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
G: NADH-quinone oxidoreductase
H: NADH-quinone oxidoreductase subunit H
I: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
J: NADH-quinone oxidoreductase subunit J
K: NADH-quinone oxidoreductase subunit K
L: NADH dehydrogenase subunit L
M: NADH dehydrogenase subunit M
N: NADH-quinone oxidoreductase subunit N
P: NAD-dependent epimerase/dehydratase
Q: ETC complex I subunit conserved region
R: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein
Z: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
a: Cytochrome b
b: Cytochrome c1
c: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
d: Cytochrome b
e: Cytochrome c1
f: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
g: Cytochrome c oxidase subunit 1
h: Cytochrome c oxidase subunit 2
i: cytochrome-c oxidase
j: Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV
k: Cytochrome c oxidase subunit 1
l: Cytochrome c oxidase subunit 2
m: cytochrome-c oxidase
n: Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV
o: Cytochrome c, class I
p: Cytochrome c, class I
q: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,284,505229
ポリマ－1,159,21035
非ポリマー125,295194
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration, native gel electrophoresis, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
NADH-quinone oxidoreductase subunit ... , 10種, 10分子 ABCDFHIJKN

#1: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit A


分子量: 13686.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B498
#2: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit B


分子量: 19525.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B497
#3: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit C


分子量: 23920.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B496
#4: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit D


分子量: 46811.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B495
#6: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit F


分子量: 47281.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B491
#8: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit H


分子量: 38861.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B487
#9: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit I


分子量: 18925.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B486
#10: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit J


分子量: 21732.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B483, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#11: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit K / NADH dehydrogenase I subunit K / NADH dehydrogenase I / subunit 11 / NADH-quinone oxidoreductase ...NADH dehydrogenase I subunit K / NADH dehydrogenase I / subunit 11 / NADH-quinone oxidoreductase subunit 11 / NQO11 / NDH-1 subunit K / NDH-1


分子量: 10863.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B482, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#14: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit N


分子量: 52564.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B479

-
NADH dehydrogenase subunit ... , 3種, 3分子 ELM

#5: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit E


分子量: 26145.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B494
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit L


分子量: 77839.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B481, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit M


分子量: 56547.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B480, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

-
タンパク質 , 12種, 18分子 GPQRZadbecfimjnopq

#7: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase


分子量: 73289.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B489, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#15: タンパク質 NAD-dependent epimerase/dehydratase


分子量: 35386.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1AZB0
#16: タンパク質 ETC complex I subunit conserved region


分子量: 12048.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B1M0
#17: タンパク質 Zinc finger CHCC-type domain-containing protein


分子量: 7069.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B357
#18: タンパク質 Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase


分子量: 23528.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B5L6
#19: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 50154.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B4F3
#20: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 46904.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B4F4
#21: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit


分子量: 20889.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B4F2, quinol-cytochrome-c reductase
#24: タンパク質 cytochrome-c oxidase / Cytochrome aa3 subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 30833.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1BA37, cytochrome-c oxidase
#25: タンパク質 Aa3 type cytochrome c oxidase subunit IV


分子量: 7351.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1AZ52
#26: タンパク質 Cytochrome c, class I


分子量: 18177.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B311
#27: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit


分子量: 14460.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B1H8

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 gkhl

#22: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 62486.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1B3D7, cytochrome-c oxidase
#23: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 32563.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)
参照: UniProt: A1BA41, cytochrome-c oxidase

-
非ポリマー , 20種, 194分子

#28: 化合物...
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#30: 化合物...
ChemComp-DU0 / 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol


分子量: 516.752 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H52O5
#31: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#32: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#33: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#34: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#35: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#36: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物...
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#38: 化合物 ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO10P
#39: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#40: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#41: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#42: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#43: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#44: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#45: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#46: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#47: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Respiratory supercomplex CI1-CIII2-CIV2 from alphaproteobacteriumCOMPLEX#1-#270NATURAL
2Alphaproteobacterial respiratory complex I (NADH-ubiquinone oxidoreductase)COMPLEX#1-#18, #271NATURAL
3Alphaproteobacterial respiratory complex III (ubiquinone-cytochrome c oxidoreductase, cytochrome bc1)COMPLEX#19-#211NATURAL
4Alphaproteobacterial respiratory complex IV (Cytochrome c oxidase, aa3-type)COMPLEX#22-#251NATURAL
5Transmembrane-anchored cytochrome c (c552)COMPLEX#261NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)318586
33Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)318586
44Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)318586
55Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア)318586
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 55.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99946 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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