PDB-9g2r: Endophilin B1 dimers bound to nanodiscs

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9g2r

タイトル

Endophilin B1 dimers bound to nanodiscs

要素

Endophilin-B1

キーワード

APOPTOSIS / BAR / N-BAR / endophilin / membrane / curvature / cardiolipin / MSP2N2 / nanodisc / peripheral membrane protein

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å

データ登録者

Thorlacius, A. / Sundborger-Lunna, A.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Peripheral membrane protein endophilin B1 probes, perturbs and permeabilizes lipid bilayers
著者: Thorlacius, A. / Rulev, M. / Sundberg, O. / Sundborger-Lunna, A.

履歴

登録	2024年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_related Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9g2r.cif.gz	496.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9g2r.ent.gz	411.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9g2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9g2r_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9g2r_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9g2r_validation.xml.gz	79.4 KB	表示
CIF形式データ	9g2r_validation.cif.gz	120.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/9g2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	50981MC 50984C 50986C 9g2uC 9g2wC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endophilin-B1

B: Endophilin-B1

C: Endophilin-B1

D: Endophilin-B1

E: Endophilin-B1

F: Endophilin-B1

G: Endophilin-B1

H: Endophilin-B1

I: Endophilin-B1

J: Endophilin-B1

K: Endophilin-B1

L: Endophilin-B1

490 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, not applicable, SAXS, 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Endophilin-B1 / Bax-interacting factor 1 / Bif-1 / SH3 domain-containing GRB2-like protein B1 分子量: 40843.246 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH3GLB1, KIAA0491, CGI-61 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9Y371

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Endophilin B1 dimers bound to a nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, pH 7.4
試料	濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
2	EPU	画像取得
4	cryoSPARC	CTF補正
7	UCSF ChimeraX	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 5026978

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 273120 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Experimental models determined from locally refined maps were rigid body fitted into the consensus map.

原子モデル構築

Accession code: AF-Q9Y371-F1-model_v4 / Chain residue range: 11-252 / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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