PDB-9fn1: 360 A Loki CHMP4-7 rods

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9fn1

タイトル

360 A Loki CHMP4-7 rods

要素

Vps20/32/60-like protein (ESCRT-III)

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / ESCRT-III / membrane remodling / tubulation / archaea / Loki

機能・相同性

Snf7 family / Snf7 / vacuolar transport / Vps20/32/60-like protein (ESCRT-III)

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Lokiarchaeia archaeon (古細菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å

データ登録者

Melnikov, N. / Junglas, B. / Halbi, G. / Nachmias, D. / Upcher, A. / Zalk, R. / Sachse, C. / Bernheim-Groswasser, A. / Elia, N.

資金援助

イスラエル, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Asgard archaeal ESCRT-III system remodels eukaryotic membranes, shedding light on the emergence of eukaryogenesis
著者: Melnikov, N. / Junglas, B. / Halbi, G. / Nachmias, D. / Upcher, A. / Zalk, R. / Sachse, C. / Bernheim-Groswasser, A. / Elia, N.

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月16日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9fn1.cif.gz	43.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9fn1.ent.gz	29.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9fn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/9fn1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	50583MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

U: Vps20/32/60-like protein (ESCRT-III)

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

U: Vps20/32/60-like protein (ESCRT-III)

x 60

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
1.48 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Vps20/32/60-like protein (ESCRT-III) 分子量: 24739.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Lokiarchaeia archaeon (古細菌) 株: Loki GC14_75 / 遺伝子: Lokiarch_16760 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F8W953
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Loki CHMP4-7 rods / タイプ: COMPLEX 詳細: Loki CHMP4-7 rods in the presence of CHMP1-3 and DNA Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Candidatus Lokiarchaeia archaeon (古細菌) / 株: KKK44605.1
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液	pH: 7.6
試料	包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embedding	Material: vitrous ice
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 30 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 173.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.05 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 228688 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	75660
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.908	101760
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	15.178	29520
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.054	11820
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.029	13380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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