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万見
- PDB-9fl9: Cryo-EM structure of the human KEOPS complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fl9
タイトルCryo-EM structure of the human KEOPS complex
要素
  • EKC/KEOPS complex subunit GON7
  • EKC/KEOPS complex subunit LAGE3
  • EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
  • EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
  • Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Complex t6A modification tRNA KEOPS Galloway-Mowat
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / tRNA N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA processing / regulation of signal transduction by p53 class mediator ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / tRNA N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA processing / regulation of signal transduction by p53 class mediator / p53 binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear body / hydrolase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / nucleolus / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EKC/KEOPS complex subunit GON7, metazoa / Domain of unknown function (DUF4611) / Lipopolysaccharide kinase (Kdo/WaaP) family / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. ...EKC/KEOPS complex subunit GON7, metazoa / Domain of unknown function (DUF4611) / Lipopolysaccharide kinase (Kdo/WaaP) family / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Serine/threonine-protein kinase Bud32 / CGI121/TPRKB / CGI121/TPRKB superfamily / Kinase binding protein CGI-121 / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 / EKC/KEOPS complex subunit TP53RK / EKC/KEOPS complex subunit GON7 / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Cirio, C. / Fernandes, C.A.H. / Venien-Bryan, C. / Collinet, B. / Van Tilbeurgh, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human KEOPS complex
著者: Cirio, C. / Auxilien, S. / Liger, D. / Fernandes, C.A.H. / Dammak, R. / Venien-Bryan, C. / Mollet, G. / Zelie, E. / Malhao, M. / Arteni, A.A. / Touboul, D. / Antignac, C. / Missoury, S. / Van ...著者: Cirio, C. / Auxilien, S. / Liger, D. / Fernandes, C.A.H. / Dammak, R. / Venien-Bryan, C. / Mollet, G. / Zelie, E. / Malhao, M. / Arteni, A.A. / Touboul, D. / Antignac, C. / Missoury, S. / Van Tilbeurgh, H. / Collinet, B.
履歴
登録2024年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EKC/KEOPS complex subunit TPRKB
B: EKC/KEOPS complex subunit TP53RK
C: Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
D: EKC/KEOPS complex subunit LAGE3
E: EKC/KEOPS complex subunit GON7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2405
ポリマ－114,2405
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area38880 Å2

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要素

#1: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit TPRKB / PRPK-binding protein / TP53RK-binding protein


分子量: 21364.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-ter His-tag followed by a TEV cleavage site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPRKB, CGI-121, My019 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3C4
#2: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit TP53RK / Atypical serine/threonine protein kinase TP53RK / Nori-2 / TP53-regulating kinase / p53-related protein kinase


分子量: 29885.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-ter His-tag followed by a TEV cleavage site / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53RK, C20orf64, PRPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96S44, 加水分解酵素; 酸無水物に作用, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / O-sialoglycoprotein endopeptidase / ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / O-sialoglycoprotein endopeptidase / hOSGEP / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein OSGEP / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein OSGEP


分子量: 36466.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSGEP, GCPL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NPF4, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
#4: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 / L antigen family member 3 / Protein ESO-3 / Protein ITBA2


分子量: 14825.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAGE3, DXS9879E, ESO3, ITBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14657
#5: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit GON7


分子量: 11697.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-ter His-tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GON7, C14orf142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXV9
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human KEOPS complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 5 mM 2-mercaptoethanol
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: HEPES
試料濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: twice 25 s / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotting force 2, blotting time 8 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.16 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14328
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正CTF estimation
5cryoSPARC4.2.1CTF補正CTF correction
8PHENIX1.20.1_4487モデルフィッティング
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
10NAMD1モデルフィッティングOn-line version of NAMDinator
12cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
15cryoSPARC4.2.1３次元再構成
16PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 214527 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16WQX

6wqx

16WQX1PDBexperimental model
26GWJ

6gwj

16GWJ2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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