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万見
- PDB-6gwj: Human OSGEP / LAGE3 / GON7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gwj
タイトルHuman OSGEP / LAGE3 / GON7 complex
要素
  • (EKC/KEOPS complex subunit ...) x 2
  • Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA / t6A modification
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA processing / nuclear body / nucleolus ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / tRNA processing / nuclear body / nucleolus / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EKC/KEOPS complex subunit GON7, metazoa / Domain of unknown function (DUF4611) / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase ...EKC/KEOPS complex subunit GON7, metazoa / Domain of unknown function (DUF4611) / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 / EKC/KEOPS complex subunit GON7 / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Missoury, S. / Liger, D. / Durand, D. / Collinet, B. / Tilbeurgh, V.H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Defects in t 6 A tRNA modification due to GON7 and YRDC mutations lead to Galloway-Mowat syndrome.
著者: Arrondel, C. / Missoury, S. / Snoek, R. / Patat, J. / Menara, G. / Collinet, B. / Liger, D. / Durand, D. / Gribouval, O. / Boyer, O. / Buscara, L. / Martin, G. / Machuca, E. / Nevo, F. / ...著者: Arrondel, C. / Missoury, S. / Snoek, R. / Patat, J. / Menara, G. / Collinet, B. / Liger, D. / Durand, D. / Gribouval, O. / Boyer, O. / Buscara, L. / Martin, G. / Machuca, E. / Nevo, F. / Lescop, E. / Braun, D.A. / Boschat, A.C. / Sanquer, S. / Guerrera, I.C. / Revy, P. / Parisot, M. / Masson, C. / Boddaert, N. / Charbit, M. / Decramer, S. / Novo, R. / Macher, M.A. / Ranchin, B. / Bacchetta, J. / Laurent, A. / Collardeau-Frachon, S. / van Eerde, A.M. / Hildebrandt, F. / Magen, D. / Antignac, C. / van Tilbeurgh, H. / Mollet, G.
履歴
登録2018年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: EKC/KEOPS complex subunit LAGE3
D: EKC/KEOPS complex subunit GON7
K: Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,91513
ポリマ－62,9903
非ポリマー92510
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6780 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.120, 105.120, 51.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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EKC/KEOPS complex subunit ... , 2種, 2分子 BD

#1: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 / L antigen family member 3 / Protein ESO-3 / Protein ITBA2


分子量: 14825.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAGE3, DXS9879E, ESO3, ITBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14657
#2: タンパク質 EKC/KEOPS complex subunit GON7


分子量: 11697.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GON7, C14orf142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXV9

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タンパク質 , 1種, 1分子 K

#3: タンパク質 Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / O-sialoglycoprotein endopeptidase / ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / O-sialoglycoprotein endopeptidase / hOSGEP / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein OSGEP / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein OSGEP


分子量: 36466.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSGEP, GCPL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NPF4, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase

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非ポリマー , 5種, 233分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: of PEG 4000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5 and 0.2 M Magnesium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.14 Å / Num. obs: 41359 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.308 % / Biso Wilson estimate: 46.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.078 / Net I/σ(I): 15.97
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-2.066.8621.0971.3865420.5851.18898.1
2.06-2.217.3520.6492.8662490.8310.7100
2.21-2.387.3640.3595.5458510.9540.38799.9
2.38-2.617.6250.2049.9953340.9830.219100
2.61-2.927.4660.11815.8449050.9930.127100
2.92-3.367.5620.0725.8642960.9970.075100
3.36-4.117.1790.04438.736650.9990.04799.9
4.11-5.87.2370.03547.1728780.9990.03899.9
5.8-46.146.9690.03349.8116390.9990.03599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Blow DPI: 0.129 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2060 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 41188 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 139.6 Å2 / Biso mean: 54.83 Å2 / Biso min: 27.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8606 Å20 Å20 Å2
2--1.8606 Å20 Å2
3----3.7213 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3562 0 60 223 3845
Biso mean--76.45 55.2 -
残基数----466
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1281SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes535HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3679HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion473SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4464SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3679HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4964HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.88
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2675 150 4.99 %
Rwork0.2367 2855 -
all0.2383 3005 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8310.0651-0.39611.96950.4671.7162-0.0608-0.3232-0.28480.362-0.09120.21850.2122-0.09990.15190.0132-0.00450.0336-0.0540.0094-0.0994130.21839.550919.7292
202.8385-1.7132.141-2.47744.6160.0144-0.1374-0.15330.01490.0240.12970.1932-0.0422-0.0384-0.02770.05790.0279-0.10550.07450.053130.23426.220722.1385
30.02532.7377-0.35280.12930.0942.6936-0.00440.0103-0.13130.0966-0.12730.03120.3317-0.06980.13160.0001-0.02390.0961-0.1635-0.03290.1203127.8927.50913.3645
42.5972-0.08370.33920.59330.06610.5195-0.04960.54420.2545-0.1217-0.01210.11820.0053-0.05960.0617-0.09880.0003-0.06170.03520.0567-0.1459124.88361.7593-0.7235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B60 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2{ D|1 - D|30 }D1 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|31 - D|50 }D31 - 348
4X-RAY DIFFRACTION4{ K|* }K2 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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