+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fjd | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Expanded CVB1-VLP (Tween80) | |||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / coxsackievirus B1 / vaccine / Tween80 | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / monoatomic ion transmembrane transport / nucleoside-triphosphate phosphatase / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Plavec, Z. / Butcher, S.J. | |||||||||||||||
資金援助 | フィンランド, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Res Sq / 年: 2024 タイトル: Comparison of structure and immunogenicity of CVB1-VLP and inactivated CVB1 vaccine candidates. 著者: Saana Soppela / Zlatka Plavec / Stina Gröhn / Minne Jartti / Sami Oikarinen / Mira Laajala / Varpu Marjomaki / Sarah J Butcher / Minna M Hankaniemi 要旨: Coxsackievirus B1 (CVB1) is a common cause of acute and chronic myocarditis, dilated cardiomyopathy and aseptic meningitis. However, no CVB-vaccines are available for human use. In this study, we ...Coxsackievirus B1 (CVB1) is a common cause of acute and chronic myocarditis, dilated cardiomyopathy and aseptic meningitis. However, no CVB-vaccines are available for human use. In this study, we investigated the immunogenicity of virus-like particle (VLP) and inactivated whole-virus vaccines for CVB1 when administrated to mice via either subcutaneous or intranasal routes formulated with and without commercial and experimental adjuvants. Here, the potential of utilizing epigallocatechin-3-gallate (EGCG) as a mucosal adjuvant synergistically with its ability to inactivate the virus were investigated. EGCG had promising adjuvant properties for CVB1-VLP when administered via the parenteral route but limited efficacy via intranasal administration. However, intranasal administration of the formalin-inactivated virus induced high CVB1-specific humoral, cellular, and mucosal immune responses. Also, based on CVB1-specific IgG-antibody responses, we conclude that CVB1-VLP can be taken up by immune cells when administrated intranasally and further structural engineering for the VLP may increase the mucosal immunogenicity. The preparations contained mixtures of compact and expanded A particles with 85% expanded in the formalin-inactivated virus, but only 52% in the VLP observed by cryogenic electron microscopy. To correlate the structure to immunogenicity, we solved the structures of the CVB1-VLP and the formalin-inactivated CVB1 virus at resolutions ranging from 2.15 A to 4.1 A for the expanded and compact VLP and virus particles by image reconstruction. These structures can be used in designing mutations increasing the stability and immunogenicity of CVB1-VLP in the future. Overall, our results highlight the potential of using formalin inactivated CVB1 vaccine in mucosal immunization programs and provide important information for future development of VLP-based vaccines against all enteroviruses. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fjd.cif.gz | 131.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb9fjd.ent.gz | 101.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fjd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fjd_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 9fjd_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9fjd_validation.xml.gz | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fjd_validation.cif.gz | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/9fjd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50498MC 9fjcC 9fjeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25013.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08291 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 27710.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08291 |
#3: タンパク質 | 分子量: 25545.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08291 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Coxsackievirus B1 / タイプ: VIRUS 詳細: Coxsackievirus B1 virus-like particle based on CVB1-10796, isolated from Argentina. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 名称: capsid |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 100 nm |
撮影 | 電子線照射量: 63.368 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 2.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117738 / 対称性のタイプ: POINT |