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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fh1 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Amyloid-beta Fibrils from Mouse Brain Carrying the Uppsala AbetaUpp(1-42)delta(19-24) Mutation | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Amyloid-beta precursor protein | ||||||||||||||||||||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / Amyloid Fibril | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() collateral sprouting in absence of injury / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / mating behavior / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / dendrite development / signaling receptor activator activity / transition metal ion binding ...collateral sprouting in absence of injury / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / mating behavior / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / dendrite development / signaling receptor activator activity / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / Notch signaling pathway / clathrin-coated pit / extracellular matrix organization / axonogenesis / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / adult locomotory behavior / central nervous system development / locomotory behavior / serine-type endopeptidase inhibitor activity / visual learning / recycling endosome / cognition / endocytosis / neuron projection development / heparin binding / regulation of translation / growth cone / perikaryon / early endosome / cell adhesion / membrane raft / axon / signaling receptor binding / apoptotic process / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / DNA binding / extracellular region / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Zielinski, M. / Peralta Reyes, F.S. / Gremer, L. / Pagnon de la Vega, M. / Roeder, C. / Heidler, T.V. / Syvaenen, S. / Willbold, D. / Sehlin, D. / Ingelsson, M. / Schroeder, G.F. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structures of Amyloid-beta Fibrils from human and murine brains carrying the Uppsala AbetaUpp(1-42)delta(19-24) mutation 著者: Zielinski, M. / Peralta Reyes, F.S. / Gremer, L. / Pagnon de la Vega, M. / Roeder, C. / Heidler, T.V. / Syvaenen, S. / Willbold, D. / Sehlin, D. / Ingelsson, M. / Schroeder, G.F. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 991.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 991.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 50436MC ![]() 9fh2C ![]() 9fh3C ![]() 9fh4C ![]() 9fh5C ![]() 9fh6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3811.330 Da / 分子数: 10 / 変異: delta(19-24) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Amyloid fibrils of amyloid-beta(1-42)delta(19-24) extracted from mouse brain. タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 178.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.36 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 329437 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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