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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ffb | ||||||
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タイトル | ss-dsDNA-FANCD2-FANCI complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / ss-dsDNA-FANCD2-FANCI / Fanconi Anemia / D2-I complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / double-strand break repair involved in meiotic recombination / homologous chromosome pairing at meiosis / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / condensed chromosome / DNA repair / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å | ||||||
データ登録者 | Alcon, P. / Passmore, L.A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: ss-dsDNA-FANCD2-FANCI complex 著者: Alcon, P. / Passmore, L.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ffb.cif.gz | 420.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ffb.ent.gz | 328.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ffb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ffb_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ffb_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9ffb_validation.xml.gz | 66.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ffb_validation.cif.gz | 98 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/9ffb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/9ffb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50353MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6776.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6109.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: タンパク質 | 分子量: 164731.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: fancd2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q68Y81 |
#4: タンパク質 | 分子量: 149458.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: FANCI 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: B0I564 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ss-dsDNA-FANCD2-FANCI complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 310 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 319378 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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