+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f48 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | KS + AT di-domain of polyketide synthase 13 in Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
要素 | Polyketide synthase Pks13 | |||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Mycolic acid synthesis / Claisen condensation / cell wall synthesis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Johnston, H.E. / Futterer, K. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: CryoEM structure of the di-domain core of Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13, essential for mycobacterial mycolic acid synthesis 著者: Johnston, H.E. / Batt, S.M. / Brown, A.K. / Savva, C.G. / Besra, G.S. / Futterer, K. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9f48.cif.gz | 458.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb9f48.ent.gz | 287.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9f48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9f48_validation.pdf.gz | 226.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 9f48_full_validation.pdf.gz | 407.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 9f48_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9f48_validation.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/9f48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/9f48 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50185MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 186642.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: pks13, Rv3800c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: I6X8D2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Subunit of Pks13 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.187 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: H37Rv |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41(DE3) |
緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.9, 50 mM NaCl, 2.5 mM beta-mercaptoethanol |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: Tris / 式: C4H11NO3 |
試料 | 濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 16.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1412 / 詳細: movie mode |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 310055 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 168566 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|