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万見
- PDB-9f43: cryo-EM structure of human LST2 bound to human mTOR complex 1, fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f43
タイトルcryo-EM structure of human LST2 bound to human mTOR complex 1, focused on RAPTOR
要素
  • Lateral signaling target protein 2 homolog
  • Regulatory-associated protein of mTOR
キーワードSIGNALING PROTEIN / MTOR / MTORC1 / LST2 / ZFYVE28 / EGFR / TOS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / positive regulation of pentose-phosphate shunt / TORC1 complex / TORC1 signaling / positive regulation of odontoblast differentiation / cellular response to L-leucine / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / phosphatidylinositol-3-phosphate binding ...negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / positive regulation of pentose-phosphate shunt / TORC1 complex / TORC1 signaling / positive regulation of odontoblast differentiation / cellular response to L-leucine / Amino acids regulate mTORC1 / MTOR signalling / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / positive regulation of osteoclast differentiation / cellular response to osmotic stress / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / regulation of cell size / Macroautophagy / protein kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / mTORC1-mediated signalling / social behavior / HSF1-dependent transactivation / positive regulation of TOR signaling / TOR signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to nutrient levels / positive regulation of lipid biosynthetic process / 14-3-3 protein binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to starvation / positive regulation of glycolytic process / negative regulation of autophagy / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Regulation of PTEN gene transcription / regulation of autophagy / regulation of cell growth / cellular response to amino acid stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to glucose stimulus / small GTPase binding / cytoplasmic stress granule / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / early endosome membrane / positive regulation of cell growth / lysosome / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lateral signaling target protein 2, FYVE domain / : / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related ...Lateral signaling target protein 2, FYVE domain / : / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / HEAT repeat / HEAT repeat / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory-associated protein of mTOR / Lateral signaling target protein 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Craigie, L.M. / Maier, T.
資金援助 スイス, European Union, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation179323 スイス
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission812830European Union
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: mTORC1 phosphorylates and stabilizes LST2 to negatively regulate EGFR.
著者: Stefania Battaglioni / Louise-Marie Craigie / Sofia Filippini / Timm Maier / Michael N Hall /
要旨: TORC1 (target of rapamycin complex 1) is a highly conserved protein kinase that plays a central role in regulating cell growth. Given the role of mammalian TORC1 (mTORC1) in metabolism and disease, ...TORC1 (target of rapamycin complex 1) is a highly conserved protein kinase that plays a central role in regulating cell growth. Given the role of mammalian TORC1 (mTORC1) in metabolism and disease, understanding mTORC1 downstream signaling and feedback loops is important. mTORC1 recognizes some of its substrates via a five amino acid binding sequence called the TOR signaling (TOS) motif. mTORC1 binding to a TOS motif facilitates phosphorylation of a distinct, distal site. Here, we show that LST2, also known as ZFYVE28, contains a TOS motif (amino acids 401 to 405) and is directly phosphorylated by mTORC1 at serine 670 (S670). mTORC1-mediated S670 phosphorylation promotes LST2 monoubiquitination on lysine 87 (K87). Monoubiquitinated LST2 is stable and displays a broad reticular distribution. When mTORC1 is inactive, unphosphorylated LST2 is degraded by the proteasome. The absence of LST2 enhances EGFR (epidermal growth factor receptor) signaling. We propose that mTORC1 negatively feeds back on its upstream receptor EGFR via LST2.
履歴
登録2024年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Regulatory-associated protein of mTOR
G: Lateral signaling target protein 2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,3692
ポリマ－249,3692
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Regulatory-associated protein of mTOR / Raptor / p150 target of rapamycin (TOR)-scaffold protein


分子量: 152764.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPTOR, KIAA1303, RAPTOR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8N122
#2: タンパク質 Lateral signaling target protein 2 homolog / hLst2 / Zinc finger FYVE domain-containing protein 28


分子量: 96604.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZFYVE28, KIAA1643, LST2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HCC9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mTORC1 in complex with LST2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4719

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1057805
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 545524 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7PEB

7peb


Accession code: 7PEB / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028666
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46511787
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.4711146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041332
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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