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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ewx | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV pilus | |||||||||||||||
要素 | Pilin | |||||||||||||||
キーワード | CELL ADHESION / Type IV pilus | |||||||||||||||
機能・相同性 | Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / pilus / cell adhesion / membrane / Pilin 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ochner, H. / Boehning, J. / Wang, Z. / Tarafder, A. / Caspy, I. / Bharat, T.A.M. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type-IV pilus 著者: Ochner, H. / Boehning, J. / Wang, Z. / Tarafder, A. / Caspy, I. / Bharat, T.A.M. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9ewx.cif.gz | 562.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9ewx.ent.gz | 473.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9ewx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9ewx_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9ewx_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9ewx_validation.xml.gz | 92.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9ewx_validation.cif.gz | 123.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/9ewx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50025MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14878.889 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: Q5DVX0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.015 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl |
試料 | 濃度: 6.46 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 平均露光時間: 6.66 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5679 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 87.39 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.17 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114537 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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