PDB-9evb: Non-uniform refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9evb

タイトル

Non-uniform refinement of the CryoEM structure of DeCLIC nanodisc with 10mM EDTA in sym-like state

要素

Neur_chan_LBD domain-containing protein

キーワード

TRANSLOCASE / Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Fan, C. / Howard, R.J. / Lindahl, E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Calcium stabilization of a flexible N-terminal domain in a pentameric ligand-gated ion channel
著者: Fan, C. / Howard, R.J. / Lindahl, E.

履歴

登録	2024年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月9日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月9日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月9日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月9日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月9日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年4月9日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年7月9日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9evb.cif.gz	582.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9evb.ent.gz	482.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9evb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9evb_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9evb_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	9evb_validation.xml.gz	92.8 KB	表示
CIF形式データ	9evb_validation.cif.gz	143.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/9evb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19997MC 19991C 19993C 19994C 19995C 19996C 9ev1C 9ev7C 9ev8C 9ev9C 9evaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neur_chan_LBD domain-containing protein

B: Neur_chan_LBD domain-containing protein

C: Neur_chan_LBD domain-containing protein

D: Neur_chan_LBD domain-containing protein

E: Neur_chan_LBD domain-containing protein

ヘテロ分子

364 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Neur_chan_LBD domain-containing protein / Ligand-gated ion channel DeCLIC 分子量: 71733.992 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア) 遺伝子: N839_03575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4JF97
#2: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE 分子量: 114.229 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE 分子量: 142.282 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-C14 / TETRADECANE 分子量: 198.388 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: DeCLIC in 10mM calcium / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 45 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 395520 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	24390
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.035	33060
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	11.713	8870
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.063	3715
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.011	4275

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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