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万見
- PDB-9ev2: Tail tube and extended tail sheath tube of Klebsiella phage KP1 v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ev2
タイトルTail tube and extended tail sheath tube of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
要素
  • Tail sheath protein
  • Tail tube protein
キーワードVIRUS / Viral tail / sheath
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, sheath / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
: / Tail sheath protein Gp18-like domain I / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain ...: / Tail sheath protein Gp18-like domain I / : / Tail sheath protein Gp18 domain III N-terminal region / Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / : / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail sheath protein / Tail tube protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella phage KP1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Orlova, E.V. / Isupov, M.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Baseplate cup of Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
著者: Orlova, E.V. / Isupov, M.N.
履歴
登録2024年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S1: Tail sheath protein
S2: Tail sheath protein
SA: Tail sheath protein
SB: Tail sheath protein
SC: Tail sheath protein
SD: Tail sheath protein
SE: Tail sheath protein
SF: Tail sheath protein
SG: Tail sheath protein
SH: Tail sheath protein
SI: Tail sheath protein
SJ: Tail sheath protein
SK: Tail sheath protein
SL: Tail sheath protein
SM: Tail sheath protein
SN: Tail sheath protein
SO: Tail sheath protein
SP: Tail sheath protein
SQ: Tail sheath protein
SR: Tail sheath protein
SS: Tail sheath protein
ST: Tail sheath protein
SU: Tail sheath protein
SV: Tail sheath protein
SW: Tail sheath protein
SX: Tail sheath protein
SY: Tail sheath protein
SZ: Tail sheath protein
Sa: Tail sheath protein
Sb: Tail sheath protein
Sc: Tail sheath protein
Sd: Tail sheath protein
Se: Tail sheath protein
Sf: Tail sheath protein
Sg: Tail sheath protein
Sh: Tail sheath protein
Si: Tail sheath protein
Sj: Tail sheath protein
Sk: Tail sheath protein
Sl: Tail sheath protein
Sm: Tail sheath protein
Sn: Tail sheath protein
So: Tail sheath protein
Sp: Tail sheath protein
Sq: Tail sheath protein
Sr: Tail sheath protein
Ss: Tail sheath protein
St: Tail sheath protein
Su: Tail sheath protein
Sv: Tail sheath protein
Sw: Tail sheath protein
Sx: Tail sheath protein
Sy: Tail sheath protein
Sz: Tail sheath protein
T1: Tail tube protein
T2: Tail tube protein
TA: Tail tube protein
TB: Tail tube protein
TC: Tail tube protein
TD: Tail tube protein
TE: Tail tube protein
TF: Tail tube protein
TG: Tail tube protein
TH: Tail tube protein
TI: Tail tube protein
TJ: Tail tube protein
TK: Tail tube protein
TL: Tail tube protein
TM: Tail tube protein
TN: Tail tube protein
TO: Tail tube protein
TP: Tail tube protein
TQ: Tail tube protein
TR: Tail tube protein
TS: Tail tube protein
TT: Tail tube protein
TU: Tail tube protein
TV: Tail tube protein
TW: Tail tube protein
TX: Tail tube protein
TY: Tail tube protein
TZ: Tail tube protein
Ta: Tail tube protein
Tb: Tail tube protein
Tc: Tail tube protein
Td: Tail tube protein
Te: Tail tube protein
Tf: Tail tube protein
Tg: Tail tube protein
Th: Tail tube protein
Ti: Tail tube protein
Tj: Tail tube protein
Tk: Tail tube protein
Tl: Tail tube protein
Tm: Tail tube protein
Tn: Tail tube protein
To: Tail tube protein
Tp: Tail tube protein
Tq: Tail tube protein
Tr: Tail tube protein
Ts: Tail tube protein
Tt: Tail tube protein
Tu: Tail tube protein
Tv: Tail tube protein
Tw: Tail tube protein
Tx: Tail tube protein
Ty: Tail tube protein
Tz: Tail tube protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,877,757108
ポリマ－4,877,757108
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Tail sheath protein


分子量: 71695.094 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5S7
#2: タンパク質 ...
Tail tube protein


分子量: 18633.738 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Klebsiella phage KP1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2K9V5T6
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Klebsiella phage KP1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Klebsiella phage KP1 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Klebsiella phage KP1 variant vB_Kpn_Lilla1
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 92 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron ...詳細: Alignment procedure: EPU Autocoma and Autosrigmate Residual tilt (if alignment procedure is coma free, mrad): 68 Software used to collect images EPU 2.4, Tomo 5.13 Film/CCD/Direct electron detector model*: post GIF K3
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 83505 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93.6 K / 最低温度: 78.7 K / Residual tilt: 68 mradians
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU2.4画像取得
3cryoSPARC4.3画像取得
5cryoSPARC4.3CTF補正
8MOLREPモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11cryoSPARC4.3初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.3最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.3分類
14cryoSPARC4.3３次元再構成
15REFMACモデル精密化
16ISOLDEモデル精密化
17UCSF ChimeraXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 16.93 ° / 軸方向距離/サブユニット: 40.22 Å / らせん対称軸の対称性: C6
粒子像の選択選択した粒子像数: 40161
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7017 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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