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万見
- PDB-9euh: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9euh
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 baseplate in the pre-contraction state - core, and wedge module proteins
要素
  • (Baseplate component) x 2
  • Baseplate wedge subunit
  • GP-PDE domain-containing protein
  • NlpC/P60 domain-containing protein
  • Peptidase C51 domain-containing protein
  • Putative baseplate component
  • TmpF
キーワードVIRUS / bacteriophage / phage / contractile / phi812 / baseplate
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / phosphoric diester hydrolase activity / cysteine-type peptidase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Putative phage tail tube initiator protein / Protein of unknown function DUF2634 / Protein of unknown function (DUF2634) / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Baseplate protein J-like ...Putative phage tail tube initiator protein / Protein of unknown function DUF2634 / Protein of unknown function (DUF2634) / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / LysM domain superfamily / LysM domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate component / Baseplate wedge subunit / NlpC/P60 domain-containing protein / Baseplate component / GP-PDE domain-containing protein / TmpF / Peptidase C51 domain-containing protein / Putative baseplate component
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Binovsky, J. / Siborova, M. / Baska, R. / Pichel-Beleiro, A. / Skubnik, K. / Novacek, J. / van Raaij, M.J. / Plevka, P.
資金援助European Union, チェコ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Other governmentLX22NP05103 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky, J. / Siborova, M. / Baska, R. / Pichel-Beleiro, A. / Skubnik, K. / Novacek, J. / van Raaij, M.J. / Plevka, P.
履歴
登録2024年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Peptidase C51 domain-containing protein
J: TmpF
O: Baseplate wedge subunit
G: Baseplate component
M: Putative baseplate component
N: Putative baseplate component
F: Baseplate component
D: Baseplate component
I: Baseplate component
C: Baseplate component
L: Baseplate wedge subunit
B: GP-PDE domain-containing protein
K: Baseplate component
H: TmpF
A: NlpC/P60 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)763,96915
ポリマ－763,96915
非ポリマー00
水00
1
E: Peptidase C51 domain-containing protein
J: TmpF
O: Baseplate wedge subunit
G: Baseplate component
M: Putative baseplate component
N: Putative baseplate component
F: Baseplate component
D: Baseplate component
I: Baseplate component
C: Baseplate component
L: Baseplate wedge subunit
B: GP-PDE domain-containing protein
K: Baseplate component
H: TmpF
A: NlpC/P60 domain-containing protein

E: Peptidase C51 domain-containing protein
J: TmpF
O: Baseplate wedge subunit
G: Baseplate component
M: Putative baseplate component
N: Putative baseplate component
F: Baseplate component
D: Baseplate component
I: Baseplate component
C: Baseplate component
L: Baseplate wedge subunit
B: GP-PDE domain-containing protein
K: Baseplate component
H: TmpF
A: NlpC/P60 domain-containing protein

E: Peptidase C51 domain-containing protein
J: TmpF
O: Baseplate wedge subunit
G: Baseplate component
M: Putative baseplate component
N: Putative baseplate component
F: Baseplate component
D: Baseplate component
I: Baseplate component
C: Baseplate component
L: Baseplate wedge subunit
B: GP-PDE domain-containing protein
K: Baseplate component
H: TmpF
A: NlpC/P60 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,291,90845
ポリマ－2,291,90845
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
手法UCSF CHIMERA

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要素

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タンパク質 , 8種, 15分子 EJHOLGFMNDICKBA

#1: タンパク質 Peptidase C51 domain-containing protein / hub protein


分子量: 91364.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1X189
#2: タンパク質 TmpF / arm scaffold protein


分子量: 116389.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1WGD3
#3: タンパク質 Baseplate wedge subunit / sheath initiator protein


分子量: 26611.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1UXD7
#4: タンパク質 Baseplate component / assembly protein


分子量: 19998.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1UXD6
#5: タンパク質 Putative baseplate component / tube initiator protein


分子量: 29381.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1X2L4
#6: タンパク質
Baseplate component / wedge protein


分子量: 39248.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1WF63
#7: タンパク質 GP-PDE domain-containing protein / central spike protein


分子量: 96199.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1WFD7
#8: タンパク質 NlpC/P60 domain-containing protein / weld protein


分子量: 34645.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage 812 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0U1UXW0

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Staphylococcus phage 812VIRUSall0NATURAL
2TailCOMPLEXall1NATURAL
3BaseplateCOMPLEXall2NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Staphylococcus phage 812 (ファージ)307898
32Staphylococcus phage 812 (ファージ)307898
43Staphylococcus phage 812 (ファージ)307898
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris, 10mM NaCl, 10mM CaCl2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 18

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 23421
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9705 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00394332
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46127440
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.99135631
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04114223
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00316602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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