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- PDB-9epc: Cryo-EM structure of the Plastid-encoded RNA polymerase from Sina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9epc
タイトルCryo-EM structure of the Plastid-encoded RNA polymerase from Sinapis alba
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 3
  • FLN2
  • PAP1, pTAC3
  • PAP10, TRXz
  • PAP11, MurE-like
  • PAP12, pTAC7
  • PAP2, pTAC2
  • PAP3, pTAC10
  • PAP4, FSD3
  • PAP5, pTAC12, HEMERA
  • PAP6, FLN1
  • PAP7, pTAC14
  • PAP8, pTAC6
  • PAP9, FSD2
  • PRIN2, PLASTID REDOX INSENSITIVE 2
  • RpoB, subunit beta
  • pTAC18
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase Chloroplast Sinapis alba Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / chloroplast / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / : / : / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
類似検索 - 構成要素
生物種Sinapis alba (シロガラシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Effantin, G. / Blanvillain, R. / Cobessi, D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0031 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Plastid-encoded RNA polymerase from Sinapis alba
著者: Effantin, G. / Blanvillain, R. / Cobessi, D.
履歴
登録2024年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月10日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: RpoB, subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit beta''
F: PAP1, pTAC3
G: PAP2, pTAC2
H: PAP3, pTAC10
I: PAP4, FSD3
J: PAP5, pTAC12, HEMERA
K: PAP6, FLN1
L: PAP7, pTAC14
M: PAP8, pTAC6
N: PAP9, FSD2
O: PAP10, TRXz
P: PAP10, TRXz
Q: PAP11, MurE-like
R: PAP12, pTAC7
S: FLN2
T: pTAC18
U: PRIN2, PLASTID REDOX INSENSITIVE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,262,24929
ポリマ－1,261,41421
非ポリマー8358
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 3種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量: 37945.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: S67F mutation found from electron density analyses / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M610
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / PEP / Plastid-encoded RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase subunit beta'


分子量: 78761.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M5W0, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta''


分子量: 156388.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ) / 参照: UniProt: A0A6C0M829

-
タンパク質 , 16種, 17分子 CFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 RpoB, subunit beta


分子量: 121223.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: S113F muation found from electron density analysis / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#5: タンパク質 PAP1, pTAC3


分子量: 103467.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#6: タンパク質 PAP2, pTAC2


分子量: 122664.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Full sequence: MNLAIPNPNSHHLSFLIQNSTFIGNRRFANSNHLSFLSGGKRPCSVAKINAKTKDLVLGNPSVSVEKGKYSYDVESLINK LSSLPPRGSIARCLDIFKNKLSLNDFALVFKEFAGRGDWQRSLRLFKYMQRQIWCKPNEHIYTIMISLLGREGLLDKCLE ...詳細: Full sequence: MNLAIPNPNSHHLSFLIQNSTFIGNRRFANSNHLSFLSGGKRPCSVAKINAKTKDLVLGNPSVSVEKGKYSYDVESLINK LSSLPPRGSIARCLDIFKNKLSLNDFALVFKEFAGRGDWQRSLRLFKYMQRQIWCKPNEHIYTIMISLLGREGLLDKCLE VFEEMPSQGVARSVFSYTALINAYGRNGRYETSLELLDRMKSEKISPSILTYNTVINACARGGLDWEGLLGLFAEMRHEG IQPDIVTYNTLLSACAIRGLGDEAEMVFRTMNDGGIVPDLTTYSHLVETFGKLGRLEKVSDLLSEMASGGSLPDITSYNV LLEAYAKSGSIKEAMGVFHQMQAAGCSPNANTYSVLLNLFGQNGRYDDVRQLFLEMKSSNTDPDAATYNILIDVFGEGGY FKEVVTLFHDMVEENIEPDMETYEGIIFACGKGGLHEDARKILQYMTAKDVVPSSKAYTGVIEAFGQAALYEEALVAFNT MHEVGSNPSIETFHSLLYSFARGGLFKESEVILSRLVNSGIPRNRDTFNATIEAYKQGGKFEEAVKTYVDMEKSRCDPDE RTLEAVLSVYSCARLVDECREQFEEMKASDILPSIMCYCMMLSVYGKTESWDDVNELLEEMLSNRVSNIHQVIGQMIKGN YDDDSNWQIVEYVLDKLNSEGCGLGIRFYNALLDALWWLGQKERAARVLNEATKRGIFPELFRKNKLVWSVDVHRMSEGG 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由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#7: タンパク質 PAP3, pTAC10


分子量: 79815.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#8: タンパク質 PAP4, FSD3


分子量: 30418.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#9: タンパク質 PAP5, pTAC12, HEMERA


分子量: 60884.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#10: タンパク質 PAP6, FLN1


分子量: 52435.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#11: タンパク質 PAP7, pTAC14


分子量: 55675.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#12: タンパク質 PAP8, pTAC6


分子量: 38039.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#13: タンパク質 PAP9, FSD2


分子量: 34008.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#14: タンパク質 PAP10, TRXz


分子量: 20954.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#15: タンパク質 PAP11, MurE-like


分子量: 85121.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#16: タンパク質 PAP12, pTAC7


分子量: 18835.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#17: タンパク質 FLN2


分子量: 68527.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#18: タンパク質 pTAC18


分子量: 16430.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)
#19: タンパク質 PRIN2, PLASTID REDOX INSENSITIVE 2


分子量: 20915.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sinapis alba (シロガラシ)

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非ポリマー , 6種, 8分子

#20: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plastid-encoded RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.15 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Sinapis alba (シロガラシ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105796 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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