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万見
- PDB-9eld: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eld
タイトルFull-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p in an open-conformation
要素E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
キーワードTRANSFERASE / cell cycle / stress response / solenoid / E3 ubiquitin ligase / RNA / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleus organization / regulation of cell size / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / HECT-type E3 ubiquitin transferase / nucleocytoplasmic transport / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleus organization / regulation of cell size / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mRNA transport / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Neutrophil degranulation / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleolus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TOM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Madrigal, J.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM064649 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170856 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Tom1p ubiquitin ligase structure, interaction with Spt6p, and function in maintaining normal transcript levels and the stability of chromatin in promoters
著者: Madrigal, J. / Schubert, H.L. / Sdano, M.A. / McCullough, L. / Connell, Z. / Formosa, T. / Hill, C.P.
履歴
登録2024年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase TOM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,9601
ポリマ－376,9601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase TOM1 / HECT-type E3 ubiquitin transferase TOM1 / Suppressor of snRNA protein 2 / Temperature-dependent ...HECT-type E3 ubiquitin transferase TOM1 / Suppressor of snRNA protein 2 / Temperature-dependent organization in mitotic nucleus protein 1


分子量: 376959.844 Da / 分子数: 1 / 変異: Internal tag insertion between 1074-1075 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Internal tag insertion between 1074-1075 of the native sequence: SGGGGGGSRHHHHHHHHHHHH
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: 10293-12XHIS / 遺伝子: TOM1, SSR2, YDR457W, D8035.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): 10293-12XHIS / 参照: UniProt: Q03280, HECT-type E3 ubiquitin transferase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Full-length and internally HIS-tagged yeast E3 ubiquitin ligase Tom1p
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.377 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: 10293-12XHIS
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: 10293-12XHIS
緩衝液pH: 7.5
詳細: 5% glycerol, 50 mM TrisCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Specimens were prepared on Quantifoil R 2/2 Cu300 grids after glow discharge for 1 minute at 25 mA. 2.5 uL of sample was applied to grids and blotted for 2.5 seconds before vitrification by ...詳細: Specimens were prepared on Quantifoil R 2/2 Cu300 grids after glow discharge for 1 minute at 25 mA. 2.5 uL of sample was applied to grids and blotted for 2.5 seconds before vitrification by plunging into liquid ethane.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -800 nm
撮影電子線照射量: 47 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16098 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 7.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00421924
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71829673
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.6972892
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0693438
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063752

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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