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- PDB-9eh1: RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eh1
タイトルRNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 8
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase ...) x 3
  • (RNA polymerase-associated protein ...) x 3
  • (Transcription elongation factor ...) x 4
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
  • Non-template DNA
  • Parafibromin
  • Protein IWS1 homolog
  • RNA
  • Superkiller complex protein 8, N-terminally processed
  • Template DNA
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE/RNA/DNA / SETD2 / H3K36me3 / TRANSFERASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine trimethylation / blastocyst growth / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / positive regulation of mRNA 3'-end processing / histone H3K36 trimethyltransferase activity / Cdc73/Paf1 complex / inner cell mass cell differentiation ...peptidyl-lysine trimethylation / blastocyst growth / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / positive regulation of mRNA 3'-end processing / histone H3K36 trimethyltransferase activity / Cdc73/Paf1 complex / inner cell mass cell differentiation / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / endodermal cell fate commitment / regulation of mRNA export from nucleus / negative regulation of myeloid cell differentiation / DSIF complex / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / trophectodermal cell differentiation / histone H3K36 methyltransferase activity / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / blastocyst hatching / regulation of mRNA processing / response to alkaloid / nucleosome organization / response to type I interferon / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / protein-lysine N-methyltransferase activity / positive regulation of ossification / nuclear lumen / mRNA 3'-end processing / regulation of protein localization to chromatin / response to metal ion / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / histone H3 methyltransferase activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / stem cell population maintenance / transcription factor TFIID complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of gene expression, epigenetic / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / endodermal cell differentiation / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of interferon-alpha production / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of Wnt signaling pathway / alpha-tubulin binding / transcription by RNA polymerase III / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase I / mismatch repair / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / negative regulation of fibroblast proliferation / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of autophagy / rescue of stalled ribosome / DNA-directed RNA polymerase complex / SH2 domain binding / RNA splicing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of cytokinesis
類似検索 - 分子機能
Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / : / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin ...Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / : / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / SETD2/Set2, SET domain / : / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Tetratricopeptide repeat / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Tetratricopeptide repeat / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / Tetratricopeptide repeat / WW domain / SET domain / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Histone H3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Histone H3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Transcription elongation factor A protein 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Histone H4 / Transcription elongation factor SPT4 / Parafibromin / RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog / Protein IWS1 homolog / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 / Superkiller complex protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Sus scrofa (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Markert, J. / Farnung, L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Richard and Susan Smith Family Foundation 米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation 米国
Rita Allen Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: Structural basis of H3K36 trimethylation by SETD2 during chromatin transcription.
著者: Jonathan W Markert / Jelly H Soffers / Lucas Farnung
要旨: During transcription, RNA polymerase II traverses through chromatin, and posttranslational modifications including histone methylations mark regions of active transcription. Histone protein H3 lysine ...During transcription, RNA polymerase II traverses through chromatin, and posttranslational modifications including histone methylations mark regions of active transcription. Histone protein H3 lysine 36 trimethylation (H3K36me3), which is established by the histone methyltransferase SET domain containing 2 (SETD2), suppresses cryptic transcription, regulates splicing, and serves as a binding site for transcription elongation factors. The mechanism by which the transcription machinery coordinates the deposition of H3K36me3 is not well understood. Here we provide cryo-electron microscopy structures of mammalian RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome elongation complexes, revealing that the transcription machinery regulates H3K36me3 deposition by SETD2 on downstream and upstream nucleosomes. SPT6 binds the exposed H2A-H2B dimer during transcription, and the SPT6 death-like domain mediates an interaction with SETD2 bound to a nucleosome upstream of RNA polymerase II.
履歴
登録2024年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerase I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
L: RNA polymerase II subunit K
M: Transcription elongation factor SPT6
N: Non-template DNA
O: Protein IWS1 homolog
P: RNA
Q: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog
R: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog
S: Transcription elongation factor A protein 1
T: Template DNA
U: RNA polymerase-associated protein LEO1
V: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
W: Superkiller complex protein 8, N-terminally processed
X: Parafibromin
Y: Transcription elongation factor SPT4
Z: Transcription elongation factor SPT5
a: Histone H3
b: Histone H4
c: Histone H2A type 1
d: Histone H2B 1.1
e: Histone H3
f: Histone H4
g: Histone H2A type 1
h: Histone H2B 1.1
l: Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,180,54245
ポリマ－1,179,92935
非ポリマー61310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 8種, 8分子 ABCEGIJK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 173530.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1DS11, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 132189.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TVZ5, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 30767.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481DF93
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24513.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTX4
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 19227.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 13521.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7525.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a


分子量: 13068.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4

-
RNA polymerase ... , 3種, 3分子 DLV

#4: タンパク質 RNA polymerase Rpb4/RPC9 core domain-containing protein


分子量: 14706.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0KES4
#12: タンパク質・ペプチド RNA polymerase II subunit K


分子量: 5747.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0JYF1
#22: タンパク質 RNA polymerase II-associated factor 1 homolog


分子量: 28991.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 FH

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / RPB6 homolog


分子量: 8978.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1QTB4
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17031.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2

-
Transcription elongation factor ... , 4種, 4分子 MSYZ

#13: タンパク質 Transcription elongation factor SPT6


分子量: 117027.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#19: タンパク質 Transcription elongation factor A protein 1 / Transcription elongation factor S-II protein 1 / Transcription elongation factor TFIIS.o


分子量: 19371.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEA1, GTF2S, TFIIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23193
#25: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor ...hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13079.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63272
#26: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5


分子量: 57815.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 52348.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖 Template DNA


分子量: 56053.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 7種, 11分子 OWaebfcgdhl

#15: タンパク質 Protein IWS1 homolog / IWS1-like protein


分子量: 14972.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IWS1, IWS1L / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96ST2
#23: タンパク質 Superkiller complex protein 8, N-terminally processed / WD repeat-containing protein 61 / N-terminally processed


分子量: 33029.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKIC8, WDR61 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9GZS3
#27: タンパク質 Histone H3


分子量: 15437.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1
#28: タンパク質 Histone H4


分子量: 8853.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#29: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#30: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#31: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 / HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin- ...HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin-interacting protein B / Lysine N-methyltransferase 3A / Protein-lysine N-methyltransferase SETD2 / SET domain-containing protein 2 / hSET2 / p231HBP


分子量: 67378.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SETD2, HIF1, HYPB, KIAA1732, KMT3A, SET2, HSPC069
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9BYW2, [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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RNA polymerase-associated protein ... , 3種, 3分子 QRU

#17: タンパク質 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / SH2 domain-binding protein 1


分子量: 102859.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTR9, KIAA0155, SH2BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PD62
#18: タンパク質 RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog


分子量: 29128.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTF1, KIAA0252 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92541
#21: タンパク質 RNA polymerase-associated protein LEO1


分子量: 14451.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 PX

#16: RNA鎖 RNA


分子量: 3475.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#24: タンパク質・ペプチド Parafibromin / Cell division cycle protein 73 homolog / Hyperparathyroidism 2 protein


分子量: 5029.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P1J9

-
非ポリマー , 2種, 10分子

#32: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#33: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SETD2 downstream complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#31 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121657 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00574266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.593101151
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.428092
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04310433
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00412195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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