PDB-9e61: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Pmt4 apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9.0E+61

タイトル

Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae Pmt4 apo form

要素

Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase 4

キーワード

TRANSFERASE / Pmt4 / O-mannosylation

機能・相同性

機能・相同性情報

dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase Pmt4p homodimer complex / dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase / dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase activity / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / fungal-type cell wall biogenesis / protein O-linked glycosylation via mannose / protein O-linked glycosylation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Du, M. / Yuan, Z. / Li, H.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pmt4 recognizes two separate acceptor sites to O-mannosylate the S/T-rich regions of substrate proteins
著者: Du, M. / Yuan, Z. / Li, H.

履歴

登録	2024年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月15日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月15日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月15日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月15日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月15日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9e61.cif.gz	265.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9e61.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9e61.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9e61_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9e61_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9e61_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	9e61_validation.cif.gz	71.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/9e61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/9e61	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	47541MC 47566C 47601C 9e6iC 9e6vC 9e79C 9e7aC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase 4

B: Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase 4

ヘテロ分子

178 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Dolichyl-phosphate-mannose--protein mannosyltransferase 4 分子量: 88061.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PMT4, YJR143C, J2176 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P46971, dolichyl-phosphate-mannose-protein mannosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CPL / 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITOYL-LINOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE 分子量: 758.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₀NO₈P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Pmt4 homo dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92548 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築	プロトコル: AB INITIO MODEL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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