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- PDB-9dpe: CryoEM Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with TCR-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dpe
タイトルCryoEM Structure of Human BTN2A1 ectodomain in complex with TCR-blocking 2A1.12 Fab
要素
  • Butyrophilin subfamily 2 member A1
  • Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
  • Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
  • Human variable heavy-chain domain Nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / Antibody / Immune Recognition / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / regulation of cytokine production / lipid metabolic process / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 2 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Ramesh, A. / Fuller, J.R. / Roy, S. / Adams, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Mapping the extracellular molecular architecture of the pAg-signaling complex with α-Butyrophilin antibodies.
著者: Amrita Ramesh / Sobhan Roy / Tomasz Slezak / James Fuller / Hortencia Graves / Murad R Mamedov / Alexander Marson / Anthony A Kossiakoff / Erin J Adams /
要旨: Target cells trigger Vγ9Vδ2 T cell activation by signaling the intracellular accumulation of phospho-antigen metabolites (pAgs) through Butyrophilin (BTN)-3A1 and BTN2A1 to the Vγ9Vδ2 T cell ...Target cells trigger Vγ9Vδ2 T cell activation by signaling the intracellular accumulation of phospho-antigen metabolites (pAgs) through Butyrophilin (BTN)-3A1 and BTN2A1 to the Vγ9Vδ2 T cell receptor (TCR). An incomplete understanding of the molecular dynamics in this signaling complex hampers Vγ9Vδ2 T cell immunotherapeutic efficacy. A panel of engineered α-BTN3A1 and α-BTN2A1 antibody (mAb) reagents was used to probe the roles of BTN3A1 and BTN2A1 in pAg signaling. Modified α-BTN3A1 mAbs with increased inter-Fab distances establish that tight clustering of BTN3A1 is not necessary to stimulate Vγ9Vδ2 T cell activation, and that antagonism may occur through occlusion of a critical binding interaction between BTN3A1 and a yet unknown co-receptor. Finally, a panel of additional α-BTN2A1 antagonists utilize different biophysical mechanisms to compete with Vγ9Vδ2 TCRs for BTN2A1 binding. The complex structures of BTN2A1 ectodomain and Fabs from three antagonist mAbs provide molecular insights into BTN2A1 epitopes critical for pAg-signaling.
履歴
登録2024年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 2 member A1
H: Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain
L: Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain
N: Human variable heavy-chain domain Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7328
ポリマ－88,8474
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 2 member A1


分子量: 25741.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BTN2A1 ectodomain with N- and C-terminal linkers. N-terminal (ADLQ) and C-terminal (VSPCGSGLEVLFQ) residues are disordered and not modeled. 3 glycans are denoted as NAG.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN2A1, BT2.1, BTF1 / プラスミド: pAc-GP67a / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KYR7
#2: 抗体 Human IgG1 Fragment Antibody Heavy Chain


分子量: 24775.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Heavy chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: FSSSI) (CDR2: SIYSSSGYTY) (CDR3: IEYGRGYWDAF). N-terminal (EIS) is a linker/restriction ...詳細: Heavy chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: FSSSI) (CDR2: SIYSSSGYTY) (CDR3: IEYGRGYWDAF). N-terminal (EIS) is a linker/restriction enzyme artifact and first residue of Fab, and disordered and not modeled.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 Human IgG1 Fragment Antibody Light Chain


分子量: 23258.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Light chain of Herceptin Fab scaffold with CDR loops modified through phage-display evolution. (CDR1: VSSAV) (CDR2: IYSASSLY) (CDR3: SSSSLI). N-terminal (S) residue is a linker/restriction enzyme artifact.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 抗体 Human variable heavy-chain domain Nanobody


分子量: 15071.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human variable heavy-chain domain Nanobody specific for human Fab kappa light chain with a hexahistidine tag and linker (HHHHHHGENLYFQGS). Tag and linker are disordered and not shown.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of Dimeric Human BTN2A1 ectodomain with TCR-Blocking 2A1.12 Fab and bulking NanobodyCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Human BTN2A1 ectodomainORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#11RECOMBINANT
3Anti-BTN2A1 Fab 2A1.12ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#2-#31RECOMBINANT
4Heavy chain of 2A1.12 FabORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#23RECOMBINANT
5Light chain of 2A1.12 FabORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#33RECOMBINANT
6Variable heavy chain domain nanobodyORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
44
51NO
61NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
65Homo sapiens (ヒト)9606
76Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
32Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
43Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
54Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
65Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
76Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.85 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5438
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5粒子像選択
2EPU3.5画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
5RELION5.0-beta2CTF補正
8PHENIX1.21.1_5286モデルフィッティング
10RELION5.0-beta2初期オイラー角割当
11RELION5.0-beta2最終オイラー角割当
13RELION5.0-beta2３次元再構成
14PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 898426
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213773 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18DFW

8dfw

A8DFWA1PDBexperimental model
2HAlphaFoldin silico model
3LAlphaFoldin silico model
4NAlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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