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万見
- PDB-9dao: AlphaIIbbeta3 in fully-extended conformation in complex with R6H8 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dao
タイトルAlphaIIbbeta3 in fully-extended conformation in complex with R6H8 Fab
要素
  • Integrin alpha-IIb
  • Integrin beta-3
  • R6H8 Fab heavy chain
  • R6H8 Fab light chain
キーワードBLOOD CLOTTING / alphaIIbbeta3 integrin / platelet aggregation / clot retraction
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / tube development / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of extracellular matrix organization ...regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / tube development / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Elastic fibre formation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / positive regulation of bone resorption / platelet-derived growth factor receptor binding / mesodermal cell differentiation / glycinergic synapse / extracellular matrix binding / filopodium membrane / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of bone resorption / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of leukocyte migration / wound healing, spreading of epidermal cells / apoptotic cell clearance / positive regulation of fibroblast migration / integrin complex / cell adhesion mediated by integrin / smooth muscle cell migration / heterotypic cell-cell adhesion / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of smooth muscle cell migration / negative chemotaxis / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / Syndecan interactions / positive regulation of cell-matrix adhesion / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of osteoblast proliferation / protein disulfide isomerase activity / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / fibronectin binding / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / blood coagulation, fibrin clot formation / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of T cell migration / coreceptor activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Integrin signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / embryo implantation / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / protein kinase C binding / cell-matrix adhesion / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / wound healing / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / cell-cell adhesion / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / platelet aggregation / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation / ruffle membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin EGF domain ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta tail domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin EGF domain / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin alpha cytoplasmic region / : / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Walz, T. / Coller, B.S. / Wang, J.L. / Buitrago, L. / Wang, L. / Li, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5R01HL019278-48 米国
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2025
タイトル: An αIIbβ3 ligand-mimetic murine monoclonal antibody that produces platelet activation by engaging the FcγIIa receptor.
著者: Jialing Wang / Lorena Buitrago / Lu Wang / Jihong Li / Thomas Walz / Barry S Coller /
要旨: To produce a murine monoclonal antibody (mAb) that binds to glycoprotein IIb/IIIa (αIIbβ3) and inhibits clot retraction (CR), we immunized mice with human platelets and tested hybridoma ...To produce a murine monoclonal antibody (mAb) that binds to glycoprotein IIb/IIIa (αIIbβ3) and inhibits clot retraction (CR), we immunized mice with human platelets and tested hybridoma supernatants for their ability to bind to αIIbβ3 and inhibit CR. The immunoglobulin G1 (IgG1) mAb R6H8 completely inhibited CR at 20 μg/mL. Paradoxically, at 5 μg/mL, R6H8 initiated platelet aggregation and induced P-selectin expression, fibrinogen binding, and PAC-1 binding. At 20 μg/mL, however, R6H8 completely inhibited aggregation induced by thrombin PAR-1 receptor activating peptide SFLLRN (T6; 25 μg/mL) and T6-induced fibrinogen and PAC-1 binding to platelets. Platelet aggregation induced by R6H8 was inhibited by mAb IV.3, which blocks the FcγIIa receptor (FcγRIIa), and the Fab fragment of R6H8 did not induce platelet aggregation, suggesting that R6H8 binds to both αIIbβ3 and FcγRIIa. Cryogenic electron microscopy analysis of the R6H8 Fab-αIIbβ3 complex revealed that R6H8 (1) binds to the αIIbβ3 RGD binding pocket via an Arg-Tyr-Asp (RYD) sequence in its heavy chain complementarity-determining region 3; (2) interacts with β3 Asp126, producing a reorientation of Asp126 and loss of the adjacent to metal ion-dependent adhesion site Ca2+; and (3) initiates swing-out of the β3 hybrid domain. We conclude that R6H8 is an αIIbβ3 ligand-mimetic mAb that activates platelets via FcγRIIa at low concentrations and potently inhibits platelet aggregation and CR at high concentrations. R6H8 simulates the actions of a number of pathological antibodies, including platelet-activating antibodies developed after therapy with αIIbβ3 inhibitors and platelet-activating antibodies in heparin-induced thrombocytopenia and vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia. As such, it may be a valuable reagent for better understanding these disorders and identifying potential therapies.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-IIb
B: Integrin beta-3
H: R6H8 Fab heavy chain
L: R6H8 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,06210
ポリマ－242,8384
非ポリマー2256
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-IIb / GPalpha IIb / GPIIb / Platelet membrane glycoprotein IIb


分子量: 110106.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 84478.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05106

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 R6H8 Fab heavy chain


分子量: 24535.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 R6H8 Fab light chain


分子量: 23717.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1AlphaIIbbeta3 in fully-extended conformation in complex with R6H8 FabCOMPLEXAlphaIIbbeta3 is platelet-derived and R6H8 fab is hybridoma cell-derived#1-#40MULTIPLE SOURCES
2AlphaIIbbeta3 integrinCOMPLEX#1-#21NATURAL
3R6H8 FabCOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.25 MDaYES
210.2 MDaYES
310.05 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 595163 / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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