[日本語] English
万見
- PDB-9dak: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dak
タイトルMerbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nathusii ACE2
要素
  • ACE2
  • Spike glycoprotein receptor binding domain
キーワードVIRAL PROTEIN / Merbecovirus / Spike glycoprotein / fusion protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / inhibitor
生物種Pipistrellus nathusii (ナトゥージウスアブラコウモリ)
Merbecovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Park, Y.J. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Multiple independent acquisitions of ACE2 usage in MERS-related coronaviruses.
著者: Cheng-Bao Ma / Chen Liu / Young-Jun Park / Jingjing Tang / Jing Chen / Qing Xiong / Jimin Lee / Cameron Stewart / Daniel Asarnow / Jack Brown / M Alejandra Tortorici / Xiao Yang / Ye-Hui Sun ...著者: Cheng-Bao Ma / Chen Liu / Young-Jun Park / Jingjing Tang / Jing Chen / Qing Xiong / Jimin Lee / Cameron Stewart / Daniel Asarnow / Jack Brown / M Alejandra Tortorici / Xiao Yang / Ye-Hui Sun / Yuan-Mei Chen / Xiao Yu / Jun-Yu Si / Peng Liu / Fei Tong / Mei-Ling Huang / Jing Li / Zheng-Li Shi / Zengqin Deng / David Veesler / Huan Yan /
要旨: The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor is shared by various coronaviruses with distinct receptor-binding domain (RBD) architectures, yet our understanding of these convergent acquisition ...The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor is shared by various coronaviruses with distinct receptor-binding domain (RBD) architectures, yet our understanding of these convergent acquisition events remains elusive. Here, we report that two bat MERS-related coronaviruses (MERSr-CoVs) infecting Pipistrellus nathusii (P.nat)-MOW15-22 and PnNL2018B-use ACE2 as their receptor, with narrow ortholog specificity. Cryoelectron microscopy structures of the MOW15-22/PnNL2018B RBD-ACE2 complexes unveil an unexpected and entirely distinct binding mode, mapping >45 Å away from that of any other known ACE2-using coronaviruses. Functional profiling of ACE2 orthologs from 105 mammalian species led to the identification of host tropism determinants, including an ACE2 N432-glycosylation restricting viral recognition, and the design of a soluble P.nat ACE2 mutant with potent viral neutralizing activity. Our findings reveal convergent acquisition of ACE2 usage for merbecoviruses found in European bats, underscoring the extraordinary diversity of ACE2 recognition modes among coronaviruses and the promiscuity of this receptor.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ACE2
B: Spike glycoprotein receptor binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,99714
ポリマ－136,4602
非ポリマー4,53812
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ACE2


分子量: 102102.375 Da / 分子数: 1
断片: GenBank CAK6450646.1 chimeric sequence with Bat30 (Pteronotus davyi) residues 407-432, 598; includes N-terminal signal sequence and C-terminal tag for protein expression
由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal tag: MGGEGLRASPRRRPLLPLQPRGCPRGDGCLRGGRGRAGFGFWRVTGGSRASANHVHAFFFFLQLLGNVLVIVLSHHFGKEFATMPMGSLQPLATLYLLGMLVASVLA C-terminal tag: ...詳細: N-terminal tag: MGGEGLRASPRRRPLLPLQPRGCPRGDGCLRGGRGRAGFGFWRVTGGSRASANHVHAFFFFLQLLGNVLVIVLSHHFGKEFATMPMGSLQPLATLYLLGMLVASVLA C-terminal tag: PTLGPPYQPPVTGTGGGSWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGGGGSDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKL
由来: (組換発現) Pipistrellus nathusii (ナトゥージウスアブラコウモリ)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Spike glycoprotein receptor binding domain


分子量: 34357.488 Da / 分子数: 1
断片: GenBank WDE20340.1; includes N-terminal signal sequence and C-terminal tag for protein expression
由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal tag: MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGT C-terminal tag: LVPRGSSSGGSGLNDIFEAQKIEWHEGGSHHHHHHHH
由来: (組換発現) Merbecovirus (ウイルス) / 株: PnNL2018B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 11分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 145分子

#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Merbecovirus PnNL2018B Spike glycoprotein RBD bound to the P. Nathusii ACE2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Merbecovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1555546 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る