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- PDB-9cth: Preliminary map of the Prothrombin-prothrombinase complex on nano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cth
タイトルPreliminary map of the Prothrombin-prothrombinase complex on nano discs
要素
  • (Activated Factor V (FVa) ...) x 2
  • (Activated Factor X ...) x 2
  • Prothrombin
キーワードBLOOD CLOTTING / Coagulation / Prothrombin / Prothrombinase / nanodisc / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin K / coagulation factor Xa / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / blood circulation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / COPII-mediated vesicle transport ...response to vitamin K / coagulation factor Xa / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / blood circulation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of TOR signaling / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / phospholipid binding / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / extracellular vesicle / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Platelet degranulation / signaling receptor activity / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily ...Coagulation factor 5/8-like / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / : / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / Kringle-like fold / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Prothrombin / Coagulation factor X / Coagulation factor V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.47 Å
データ登録者Stojanovski, B.M. / Mohammed, B.M. / Di Cera, E.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL049413, HL139554, HL147821 米国
Childrens Discovery Institute of Washington University and St. Louis Childrens HospitalCDI-CORE-2019-813 米国
Foundation for Barnes-Jewish Hospital3770 米国
Other privateWashington University Diabetes Research Center DK020579 米国
Other privateThe Alvin J. Siteman Cancer Center at Barnes-Jewish Hospital and Washington University School of Medicine CA091842 米国
引用ジャーナル: Subcell Biochem / 年: 2024
タイトル: The Prothrombin-Prothrombinase Interaction.
著者: Bosko M Stojanovski / Bassem M Mohammed / Enrico Di Cera /
要旨: The hemostatic response to vascular injury entails a sequence of proteolytic events where several inactive zymogens of the trypsin family are converted to active proteases. The cascade starts with ...The hemostatic response to vascular injury entails a sequence of proteolytic events where several inactive zymogens of the trypsin family are converted to active proteases. The cascade starts with exposure of tissue factor from the damaged endothelium and culminates with conversion of prothrombin to thrombin in a reaction catalyzed by the prothrombinase complex composed of the enzyme factor Xa, cofactor Va, Ca, and phospholipids. This cofactor-dependent activation is paradigmatic of analogous reactions of the blood coagulation and complement cascades, which makes elucidation of its molecular mechanism of broad significance to the large class of trypsin-like zymogens to which prothrombin belongs. Because of its relevance as the most important reaction in the physiological response to vascular injury, as well as the main trigger of pathological thrombotic complications, the mechanism of prothrombin activation has been studied extensively. However, a molecular interpretation of this mechanism has become available only recently from important developments in structural biology. Here we review current knowledge on the prothrombin-prothrombinase interaction and outline future directions for the study of this key reaction of the coagulation cascade.
履歴
登録2024年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activated Factor V (FVa) heavy chain
E: Activated Factor V (FVa) light chain
B: Activated Factor X light chain
C: Activated Factor X heavy chain
D: Prothrombin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,03011
ポリマ－264,7035
非ポリマー1,3276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Activated Factor V (FVa) ... , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 Activated Factor V (FVa) heavy chain / Coagulation factor Va heavy chain / Activated protein C cofactor / Proaccelerin / labile factor


分子量: 81274.391 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains A1 and A2 (UNP residues 29-737) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P12259
#2: タンパク質 Activated Factor V (FVa) light chain / Coagulation factor Va light chain / Activated protein C cofactor / Proaccelerin / labile factor


分子量: 75283.008 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains C1, C2, and A3 (UNP residues 1574-2224) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P12259

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Activated Factor X ... , 2種, 2分子 BC

#3: タンパク質 Activated Factor X light chain / FXa-LC / Factor X light chain


分子量: 16186.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / Cell (発現宿主): fibroblasts / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00742
#4: タンパク質 Activated Factor X heavy chain / FXa-HC / Factor X heavy chain


分子量: 26588.297 Da / 分子数: 1 / Mutation: S195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F10 / Cell (発現宿主): fibroblasts / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00742

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タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 D

#5: タンパク質 Prothrombin / Coagulation factor II


分子量: 65370.113 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-622 / Mutation: S525A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / Cell (発現宿主): fibroblasts / 細胞株 (発現宿主): BHK / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Prothrombinase:Prothrombin ternary complex on lipid nanodiscs
タイプ: COMPLEX
詳細: The complex is made of coagulation factor Va (derived from human plasma), active site mutated (S195A) coagulation factor Xa (Recombinantly expressed in BHK cells) and active site mutated ...詳細: The complex is made of coagulation factor Va (derived from human plasma), active site mutated (S195A) coagulation factor Xa (Recombinantly expressed in BHK cells) and active site mutated (S525A) Prothrombin (Recombinantly expressed in BHK cells). The nanodisc component of the complex is made of the scaffold protein MSP1E3D1 (Recombinantly expressed in bacteria) and the phospholipid component was Porcine Brain phosphatidylserine.
Entity ID: #3-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, and 5 mM CaCl2
試料濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Prothrombin:FVa:FXa were mixed in 2:1:2 ratio. 0.01 mg/mL total protein was used for freezing.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 51.28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 2390

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.3.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC4.3.1分類
13cryoSPARC4.3.1３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4988 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18TN9

8tn9

18TN91PDBexperimental model
21AF-P00734-F12AlphaFoldin silico model
31AF-P00742-F13AlphaFoldin silico model
41fjs

1fjs

11fjs4PDBexperimental model
56bjr

6bjr

16bjr5PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318590
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66225151
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.0512465
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052658
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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