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- PDB-9cgm: The Structure of Spiroplasma Virus 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cgm
タイトルThe Structure of Spiroplasma Virus 4
要素
  • Capsid protein VP1
  • DNA binding protein ORF8
キーワードVIRUS / Microviridae / bacteriophage / capsid / Spiroplasma virus 4 / SpV4
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / DNA binding protein ORF8
類似検索 - 構成要素
生物種Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Mietzsch, M. / McKenna, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2024
タイトル: The Structure of : Exploring the Capsid Diversity of the .
著者: Mario Mietzsch / Shweta Kailasan / Antonette Bennett / Paul Chipman / Bentley Fane / Juha T Huiskonen / Ian N Clarke / Robert McKenna /
要旨: (SpV4) is a bacteriophage of the , which packages circular ssDNA within non-enveloped T = 1 icosahedral capsids. It infects spiroplasmas, which are known pathogens of honeybees. Here, the structure ... (SpV4) is a bacteriophage of the , which packages circular ssDNA within non-enveloped T = 1 icosahedral capsids. It infects spiroplasmas, which are known pathogens of honeybees. Here, the structure of the SpV4 virion is determined using cryo-electron microscopy to a resolution of 2.5 Å. A striking feature of the SpV4 capsid is the mushroom-like protrusions at the 3-fold axes, which is common among all members of the subfamily While the function of the protrusion is currently unknown, this feature varies widely in this subfamily and is therefore possibly an adaptation for host recognition. Furthermore, on the interior of the SpV4 capsid, the location of DNA-binding protein VP8 was identified and shown to have low structural conservation to the capsids of other viruses in the family. The structural characterization of SpV4 will aid future studies analyzing the virus-host interaction, to understand disease mechanisms at a molecular level. Furthermore, the structural comparisons in this study, including a low-resolution structure of the chlamydia phage 2, provide an overview of the structural repertoire of the viruses in this family that infect various bacterial hosts, which in turn infect a wide range of animals and plants.
履歴
登録2024年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
0: DNA binding protein ORF8
B: Capsid protein VP1
C: Capsid protein VP1
D: Capsid protein VP1
E: Capsid protein VP1
F: Capsid protein VP1
G: Capsid protein VP1
H: Capsid protein VP1
I: Capsid protein VP1
J: Capsid protein VP1
K: Capsid protein VP1
L: Capsid protein VP1
M: Capsid protein VP1
N: Capsid protein VP1
O: Capsid protein VP1
P: Capsid protein VP1
Q: Capsid protein VP1
R: Capsid protein VP1
S: Capsid protein VP1
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V: Capsid protein VP1
W: Capsid protein VP1
X: Capsid protein VP1
Y: Capsid protein VP1
Z: Capsid protein VP1
a: Capsid protein VP1
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d: Capsid protein VP1
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h: Capsid protein VP1
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j: Capsid protein VP1
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y: Capsid protein VP1
z: Capsid protein VP1
1: Capsid protein VP1
2: Capsid protein VP1
3: Capsid protein VP1
4: Capsid protein VP1
5: Capsid protein VP1
6: Capsid protein VP1
7: Capsid protein VP1
8: Capsid protein VP1
9: DNA binding protein ORF8
C2: DNA binding protein ORF8
D2: DNA binding protein ORF8
E2: DNA binding protein ORF8
F2: DNA binding protein ORF8
G2: DNA binding protein ORF8
H2: DNA binding protein ORF8
I2: DNA binding protein ORF8
J2: DNA binding protein ORF8
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P2: DNA binding protein ORF8
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12: DNA binding protein ORF8
22: DNA binding protein ORF8
32: DNA binding protein ORF8
42: DNA binding protein ORF8
52: DNA binding protein ORF8
62: DNA binding protein ORF8
72: DNA binding protein ORF8
82: DNA binding protein ORF8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,016,332120
ポリマ－4,016,332120
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein VP1 / VP1


分子量: 62294.344 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス) / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Spiroplasma melliferum (バクテリア) / 株 (発現宿主): G1 / 参照: UniProt: P11333
#2: タンパク質・ペプチド ...
DNA binding protein ORF8


分子量: 4644.519 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス) / 遺伝子: ORF8 / 発現宿主: Spiroplasma melliferum (バクテリア) / 株 (発現宿主): G1 / 参照: UniProt: P11340

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Spiromicrovirus SpV4 / タイプ: VIRUS / 詳細: SpV4 was propagated in the S. melliferum strain G1 / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
ウイルス殻三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 34 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77204 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.009253260
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.811343800
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.703206760
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05836420
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00644820

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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