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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c7u | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the human truncated BOS complex in GDN | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / membrane protein biogenesis / membrane protein complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / regulation of protein complex stability / regulation of protein-containing complex assembly / regulation of signal transduction / ribosome binding / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / endoplasmic reticulum membrane ...multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / regulation of protein complex stability / regulation of protein-containing complex assembly / regulation of signal transduction / ribosome binding / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nguyen, V.N. / Tomaleri, G.P. / Voorhees, R.M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Role of a holo-insertase complex in the biogenesis of biophysically diverse ER membrane proteins 著者: Page, K.R. / Nguyen, V.N. / Pleiner, T. / Tomaleri, G.P. / Wang, M.L. / Guna, A. / Hazu, M. / Wang, T. / Chou, T. / Voorhees, R.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c7u.cif.gz | 172.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c7u.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9c7u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/9c7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/9c7u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63047.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCLN / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969V3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42388.957 Da / 分子数: 1 Fragment: UNP residues 1-36,873-1222 (Ig domains 1-9 deleted) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOMO2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5JPE7 |
#3: タンパク質 | 分子量: 25279.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM147 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BVK8 |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human truncated BOS complex / タイプ: COMPLEX 詳細: Human BOS complex of truncated NOMO (delta Ig 1-9), TMEM147, and NCLN Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample solubilized and purified in GDN. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15929 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115841 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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