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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c4o | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PqqU with ligand PQQ | |||||||||||||||
要素 | Pyrroloquinoline quinone transporter | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TonD-dependent / outer membrane / transporter / PQQ uptake | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / signaling receptor activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Munder, F. / Venugopal, H. / Grinter, R. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: High-affinity PQQ import is widespread in Gram-negative bacteria. 著者: Munder, F. / Voutsinos, M. / Hantke, K. / Venugopal, H. / Grinter, R. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c4o.cif.gz | 248.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c4o.ent.gz | 198.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9c4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9c4o_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9c4o_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9c4o_validation.xml.gz | 36.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9c4o_validation.cif.gz | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/9c4o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45192MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78401.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 遺伝子: pqqU, yncD, b1451, JW1446 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P76115 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-PQQ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of PqqU with PQQ / タイプ: COMPLEX 詳細: TonB-dependent outer membrane transporter PqqU in complex with its substrate PQQ. Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.078 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: LMNG was partly removed by concentration in a 100 kDa cut-off concentrator. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 30 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 3 microliters of sample |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.22 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 実像数: 8744 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2110000 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 872884 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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