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万見
- PDB-9c1h: Rhesus rotavirus (upright structure at 2.88 Angstrom resolution) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c1h
タイトルRhesus rotavirus (upright structure at 2.88 Angstrom resolution)
要素
  • (Outer capsid ...) x 2
  • Inner capsid protein VP2
  • Intermediate capsid protein VP6
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus / non-enveloped virus / viral particle
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / viral nucleocapsid ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell rough endoplasmic reticulum / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain ...Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Viral capsid/haemagglutinin protein / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Inner capsid protein VP2 / Outer capsid protein VP4 / Outer capsid glycoprotein VP7
類似検索 - 構成要素
生物種Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Jenni, S. / Herrmann, T. / De Sautu, M. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA13202 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rotavirus structure
著者: Jenni, S. / Herrmann, T. / De Sautu, M. / Harrison, S.C.
履歴
登録2024年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Outer capsid glycoprotein VP7
1: Outer capsid glycoprotein VP7
2: Outer capsid protein VP4
3: Outer capsid protein VP4
4: Outer capsid protein VP4
A: Inner capsid protein VP2
B: Inner capsid protein VP2
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
P: Outer capsid glycoprotein VP7
Q: Outer capsid glycoprotein VP7
R: Outer capsid glycoprotein VP7
S: Outer capsid glycoprotein VP7
T: Outer capsid glycoprotein VP7
U: Outer capsid glycoprotein VP7
V: Outer capsid glycoprotein VP7
W: Outer capsid glycoprotein VP7
X: Outer capsid glycoprotein VP7
Y: Outer capsid glycoprotein VP7
Z: Outer capsid glycoprotein VP7
f: Intermediate capsid protein VP6
g: Intermediate capsid protein VP6
h: Intermediate capsid protein VP6
i: Intermediate capsid protein VP6
j: Intermediate capsid protein VP6
k: Intermediate capsid protein VP6
t: Outer capsid glycoprotein VP7
u: Outer capsid glycoprotein VP7
v: Outer capsid glycoprotein VP7
w: Outer capsid glycoprotein VP7
x: Outer capsid glycoprotein VP7
y: Outer capsid glycoprotein VP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,036,372170
ポリマ－2,026,70643
非ポリマー9,666127
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Outer capsid ... , 2種, 22分子 01PQRSTUVWXYZtuvwxy234

#1: タンパク質
Outer capsid glycoprotein VP7


分子量: 37136.531 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
発現宿主: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) / 参照: UniProt: P12476
#2: タンパク質 Outer capsid protein VP4 / Hemagglutinin


分子量: 86655.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
発現宿主: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) / 参照: UniProt: P12473

-
タンパク質 , 2種, 21分子 ABCDEFGHIJKLMNOfghijk

#3: タンパク質 Inner capsid protein VP2 / VP2A


分子量: 103425.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
発現宿主: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) / 参照: UniProt: B3F2X3
#4: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6


分子量: 44962.773 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
発現宿主: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) / 参照: UniProt: B2BN53

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糖 , 2種, 18分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 109分子

#7: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Simian rotavirus A strain RRV / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5127 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 542965 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 60.19 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034133016
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5445181125
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041420822
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004123406
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.741617764

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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