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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c0b | ||||||||||||
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タイトル | E.coli GroEL + PBZ1587 inhibitor | ||||||||||||
要素 | 60 kDa chaperonin | ||||||||||||
キーワード | CHAPERONE / GroEL / Inhibitor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / response to heat / protein refolding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Watson, E.R. / Lander, G.C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024 タイトル: Bis-sulfonamido-2-phenylbenzoxazoles Validate the GroES/EL Chaperone System as a Viable Antibiotic Target. 著者: Jack Godek / Jared Sivinski / Edmond R Watson / Felicidad Lebario / Wenli Xu / Mckayla Stevens / Christopher J Zerio / Andrew J Ambrose / Xiaoyi Zhu / Carlee A Trindl / Donna D Zhang / Steven ...著者: Jack Godek / Jared Sivinski / Edmond R Watson / Felicidad Lebario / Wenli Xu / Mckayla Stevens / Christopher J Zerio / Andrew J Ambrose / Xiaoyi Zhu / Carlee A Trindl / Donna D Zhang / Steven M Johnson / Gabriel C Lander / Eli Chapman / 要旨: We recently reported on small-molecule inhibitors of the GroES/GroEL chaperone system as potential antibiotics against and the ESKAPE pathogens but were unable to establish GroES/GroEL as the ...We recently reported on small-molecule inhibitors of the GroES/GroEL chaperone system as potential antibiotics against and the ESKAPE pathogens but were unable to establish GroES/GroEL as the cellular target, leading to cell death. In this study, using two of our most potent -sulfonamido-2-phenylbenzoxazoles (PBZs), we established the binding site of the PBZ molecules using cryo-EM and found that GroEL was the cellular target responsible for the mode of action. Cryo-EM revealed that PBZ1587 binds at the GroEL ring-ring interface (RRI). A cellular reporter assay confirmed that PBZ1587 engaged GroEL in cells, but cellular rescue experiments showed potential off-target effects. This prompted us to explore a closely related analogue, PBZ1038, which is also bound to the RRI. Biochemical characterization showed potent inhibition of Gram-negative chaperonins but much lower potency of chaperonin from a Gram-positive organism, . A cellular reporter assay showed that PBZ1038 also engaged GroEL in cells and that the cytotoxic phenotype could be rescued by a chromosomal copy of GroEL/GroES or by expressing a recalcitrant RRI mutant. These data argue that PBZ1038's antimicrobial action is exerted through inhibition of GroES/GroEL, validating this chaperone system as an antibiotic target. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c0b.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c0b.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9c0b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9c0b_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9c0b_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9c0b_validation.xml.gz | 186.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9c0b_validation.cif.gz | 281.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/9c0b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45078MC 9c0cC 9c0dC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57391.711 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: groEL, groL, mopA, BN17_41231, BU34_16740, ECs5124, LF82_0923 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q548M1 #2: 化合物 | ChemComp-A1AS6 / 分子量: 575.079 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19ClN4O5S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E.coli GroEL + PBZ1587 inhibitor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 62.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20659 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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