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万見
- PDB-9bji: Cryo-EM structure of apo NVL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bji
タイトルCryo-EM structure of apo NVL
要素
  • Nuclear valosin-containing protein-like
  • Substrate mimic
キーワードTRANSLOCASE / Ribosome biogenesis / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to nucleolus / preribosome binding / telomerase holoenzyme complex / telomerase holoenzyme complex assembly / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of protein binding / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / nucleolus ...regulation of protein localization to nucleolus / preribosome binding / telomerase holoenzyme complex / telomerase holoenzyme complex assembly / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of protein binding / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
NVL2, nucleolin binding domain / NVL2, N-terminal domain superfamily / Nucleolin binding domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...NVL2, nucleolin binding domain / NVL2, N-terminal domain superfamily / Nucleolin binding domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Nuclear valosin-containing protein-like
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Cruz, V.E. / Erzberger, J.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationI-1422 米国
Robert A. Welch FoundationV-I-0002-20230731 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dibenzothiazepinones are bioavailable inhibitors of NVL and cause p53-dependent apoptosis in cancer by blocking 60S ribosome assembly
著者: Guo, H.H. / Tao, Y. / Cruz, V.E. / Fang, M. / Khivansara, V. / Xie, S. / Leach, A. / Rivera-Cancel, G. / Barrows, N. / Williams, N. / Aurora, A. / Erzberger, J.P. / De Brabander, J.K. / Nijhawan, D.
履歴
登録2024年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Substrate mimic
A: Nuclear valosin-containing protein-like
B: Nuclear valosin-containing protein-like
C: Nuclear valosin-containing protein-like
D: Nuclear valosin-containing protein-like
E: Nuclear valosin-containing protein-like
F: Nuclear valosin-containing protein-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)579,18524
ポリマ－574,4257
非ポリマー4,75917
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Substrate mimic


分子量: 3333.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Substrate mimic
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質
Nuclear valosin-containing protein-like / NVLp / Nuclear VCP-like protein


分子量: 95181.992 Da / 分子数: 6 / Mutation: E365Q,E682Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NVL, NVL2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15381
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: apo NVL / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 1.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109860 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 38.66 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00226229
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.443635522
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03854124
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00354627
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.654510249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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