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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bew | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the HIV-1 BG505 IDL Env trimer in complex with 3BNC117 and 10-1074 Fabs | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / CD4 / HIV-1 / SOSIP / Vaccine / gp120 / gp41 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Gorman, J. / Kwong, P.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024 タイトル: Design of soluble HIV-1 envelope trimers free of covalent gp120-gp41 bonds with prevalent native-like conformation. 著者: Peng Zhang / Jason Gorman / Yaroslav Tsybovsky / Maolin Lu / Qingbo Liu / Vinay Gopan / Mamta Singh / Yin Lin / Huiyi Miao / Yuna Seo / Alice Kwon / Adam S Olia / Gwo-Yu Chuang / Hui Geng / ...著者: Peng Zhang / Jason Gorman / Yaroslav Tsybovsky / Maolin Lu / Qingbo Liu / Vinay Gopan / Mamta Singh / Yin Lin / Huiyi Miao / Yuna Seo / Alice Kwon / Adam S Olia / Gwo-Yu Chuang / Hui Geng / Yen-Ting Lai / Tongqing Zhou / John R Mascola / Walther Mothes / Peter D Kwong / Paolo Lusso / 要旨: Soluble HIV-1 envelope (Env) trimers may serve as effective vaccine immunogens. The widely utilized SOSIP trimers have been paramount for structural studies, but the disulfide bond they feature ...Soluble HIV-1 envelope (Env) trimers may serve as effective vaccine immunogens. The widely utilized SOSIP trimers have been paramount for structural studies, but the disulfide bond they feature between gp120 and gp41 constrains intersubunit mobility and may alter antigenicity. Here, we report an alternative strategy to generate stabilized soluble Env trimers free of covalent gp120-gp41 bonds. Stabilization was achieved by introducing an intrasubunit disulfide bond between the inner and outer domains of gp120, defined as interdomain lock (IDL). Correctly folded IDL trimers displaying a native-like antigenic profile were produced for HIV-1 Envs of different clades. Importantly, the IDL design abrogated CD4 binding while not affecting recognition by potent neutralizing antibodies to the CD4-binding site. By cryoelectron microscopy, IDL trimers were shown to adopt a closed prefusion configuration, while single-molecule fluorescence resonance energy transfer documented a high prevalence of native-like conformation. Thus, IDL trimers may be promising candidates as vaccine immunogens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bew.cif.gz | 606 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bew.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9bew.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9bew_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9bew_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9bew_validation.xml.gz | 89.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9bew_validation.cif.gz | 134.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9bew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/9bew | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 GAMBEN
#1: タンパク質 | 分子量: 54120.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: タンパク質 | 分子量: 17114.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-タンパク質 , 3種, 9分子 CFODIPHJQ
#3: タンパク質 | 分子量: 24656.484 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: タンパク質 | 分子量: 23022.658 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: タンパク質 | 分子量: 25316.314 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-抗体 , 1種, 3分子 LKR
#6: 抗体 | 分子量: 23180.760 Da / 分子数: 3 / Fragment: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 6種, 63分子
#7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | #11: 多糖 | #12: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM Structure of the HIV-1 BG505 IDL Env trimer in complex with 3BNC117 and 10-1074 Fabs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 160 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 63.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50380 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5V8M Accession code: 5V8M / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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