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万見
- PDB-9bbn: Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit with Fab C9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bbn
タイトルCryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit with Fab C9
要素
  • Capsid protein
  • E1 glycoprotein
  • E2 glycoprotein
  • E3 glycoprotein
  • Heavy chain of C9
  • Light chain of C9
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / CHIKV asymmetric unit with Fab C9 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Su, G.C. / Galaz-Montoya, J.G. / Pintilie, G. / Jin, J. / Chiu, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103832 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryogenic Electron Microscopy Reveals Dual-Inhibition Mechanisms and Explains the Differential Neutralization Potency of Two anti-CHIKV Antibodies
著者: Su, G.C. / Galaz-Montoya, J.G. / Pintilie, G. / Jin, J. / Chiu, W.
履歴
登録2024年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: E3 glycoprotein
W: E3 glycoprotein
X: E3 glycoprotein
C: E1 glycoprotein
G: E2 glycoprotein
A: E1 glycoprotein
E: E2 glycoprotein
M: Heavy chain of C9
N: Light chain of C9
B: E1 glycoprotein
O: Heavy chain of C9
P: Light chain of C9
F: E2 glycoprotein
J: Capsid protein
K: Capsid protein
Q: Heavy chain of C9
R: Light chain of C9
I: Capsid protein
D: E1 glycoprotein
S: Heavy chain of C9
T: Light chain of C9
H: E2 glycoprotein
L: Capsid protein
V: E3 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)663,07424
ポリマ－663,07424
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 16分子 UWXVCABDGEFHJKIL

#1: タンパク質
E3 glycoprotein


分子量: 6955.070 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 266-325 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone / 参照: UniProt: D2KBQ2, togavirin
#2: タンパク質
E1 glycoprotein


分子量: 47497.906 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 810-1248 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone / 参照: UniProt: Q88628, togavirin
#3: タンパク質
E2 glycoprotein


分子量: 47077.719 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-748 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone 25 / 参照: UniProt: Q88628, togavirin
#6: タンパク質
Capsid protein


分子量: 16428.607 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 111-261 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone 25 / 参照: UniProt: Q88628, togavirin

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抗体 , 2種, 8分子 MOQSNPRT

#4: 抗体
Heavy chain of C9


分子量: 24747.697 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体
Light chain of C9


分子量: 23061.602 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chikungunya virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone 25
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 700 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris1
2120 mMSodium chloride1
31 mMEDTA1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 106000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8MDFFモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 192895
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1151475 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8FCG

8fcg


Accession code: 8FCG / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.3 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00247636
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5864868
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6417304
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0557288
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0048376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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