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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b5k | |||||||||
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タイトル | Ubiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic (doubly Ub-loaded) - Ub(T) class 1 map and model from cluster 1 (Ub(A)/ATP/Mg) | |||||||||
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![]() | LIGASE / UBIQUITIN / E1 / E2 / UBA1 / UBC4 / TRANSTHIOESTERIFICATION / THIOESTER / TRANSTHIOLATION / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / ADENYLATION / INHIBITOR / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBL / ATP ATP-BINDING / AMP / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPEPTIDE BOND | |||||||||
機能・相同性 | ![]() E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / nucleolus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
![]() | Kochanczyk, T. / Lima, C.D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway 著者: Kochanczyk, T. / Hann, Z.S. / Lux, M.C. / Reyes, A.M.V.D. / Ji, C. / Tan, D.S. / Lima, C.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 269.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 44215MC ![]() 9b55C ![]() 9b56C ![]() 9b57C ![]() 9b58C ![]() 9b59C ![]() 9b5aC ![]() 9b5bC ![]() 9b5cC ![]() 9b5dC ![]() 9b5eC ![]() 9b5fC ![]() 9b5gC ![]() 9b5hC ![]() 9b5iC ![]() 9b5jC ![]() 9b5lC ![]() 9b5mC ![]() 9b5nC ![]() 9b5oC ![]() 9b5pC ![]() 9b5qC ![]() 9b5rC ![]() 9b5sC ![]() 9b5tC ![]() 9b5uC ![]() 9b5vC ![]() 9b5wC ![]() 9b5xC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 111764.047 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 13-1012 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal S is a residual artifact after cleaving the affinity tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ptr3, SPBC1604.21c, SPBC211.09 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8568.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pET3C / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 17043.336 Da / 分子数: 1 / Mutation: C21S,C107S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ubc4, SPBC119.02 / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 8769.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ATP / | #7: 化合物 | ChemComp-A1AIV / | 分子量: 84.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex with second Ub bound to E1 (doubly Ub-loaded E1-Ub-E2 complex) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.05% CHAPSO |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12926 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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