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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b5h | |||||||||
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タイトル | Ubiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic (doubly Ub-loaded) - cluster 3 map and model (Ub(A)-AMP/PPi/Mg) | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / UBIQUITIN / E1 / E2 / UBA1 / UBC4 / TRANSTHIOESTERIFICATION / THIOESTER / TRANSTHIOLATION / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / ADENYLATION / INHIBITOR / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBL / ATP ATP-BINDING / AMP / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPEPTIDE BOND | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | |||||||||
データ登録者 | Kochanczyk, T. / Lima, C.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway 著者: Kochanczyk, T. / Hann, Z.S. / Lux, M.C. / Reyes, A.M.V.D. / Ji, C. / Tan, D.S. / Lima, C.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b5h.cif.gz | 256.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b5h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9b5h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9b5h_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9b5h_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9b5h_validation.xml.gz | 49.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9b5h_validation.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/9b5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/9b5h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 44212MC 9b5cC 9b5dC 9b5eC 9b5fC 9b5gC 9b5iC 9b5jC 9b5kC 9b5lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 111764.047 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 13-1012 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ptr3, SPBC1604.21c, SPBC211.09 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O94609, E1 ubiquitin-activating enzyme |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8568.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pET3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH07 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17043.336 Da / 分子数: 1 / Mutation: C21S,C107S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ubc4, SPBC119.02 / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46595, E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
#4: タンパク質 | 分子量: 8769.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH07 |
-非ポリマー , 4種, 5分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-POP / | #7: 化合物 | ChemComp-AMP / | #8: 化合物 | ChemComp-A1AIV / | 分子量: 84.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex with second Ub bound to E1 (doubly Ub-loaded E1-Ub-E2 complex) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843 | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 1 mM ATP, 0.05% CHAPSO | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 402821 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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