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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b57 | |||||||||
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タイトル | Ubiquitin E2-Ub-E3 HECT tetrahedral transthiolation intermediate mimic - state 3 | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / UBIQUITIN / E2 / E3 / HECT / NEDD4 / RSP5 / PUB2 / UBC4 / TRANSTHIOESTERIFICATION / THIOESTER / TRANSTHIOLATION / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / ADENYLATION / INHIBITOR / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBL / ATP ATP-BINDING / AMP / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPEPTIDE BOND | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / cell cortex of cell tip / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes ...RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / cell cortex of cell tip / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / HECT-type E3 ubiquitin transferase / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cell division site / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Kochanczyk, T. / Lima, C.D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway 著者: Kochanczyk, T. / Hann, Z.S. / Lux, M.C. / Reyes, A.M.V.D. / Ji, C. / Tan, D.S. / Lima, C.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b57.cif.gz | 134 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b57.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9b57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9b57_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9b57_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9b57_validation.xml.gz | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9b57_validation.cif.gz | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/9b57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/9b57 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 44202MC 9b55C 9b56C 9b58C 9b59C 9b5aC 9b5bC 9b5mC 9b5nC 9b5oC 9b5pC 9b5qC 9b5rC 9b5sC 9b5tC 9b5uC 9b5vC 9b5wC 9b5xC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17043.336 Da / 分子数: 1 / 変異: C21S/C107S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: C-terminal GGLVPR is a residual artifact after thrombin cleavage of affinity tag 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ubc4, SPBC119.02 / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P46595, E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8769.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal GSGG is a residual artifact after TEV protease cleavage of affinity tag 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: uep1, ubi2, SPAC1805.12c / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH07 |
#3: タンパク質 | 分子量: 44231.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal SHM is a residual artifact after cleaving the affinity tag 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pub2, SPAC1805.15c / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTG2, HECT-type E3 ubiquitin transferase |
#4: 化合物 | ChemComp-A1AIV / 分子量: 84.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.1% CHAPSO | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169620 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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