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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b4h | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Chlamydomonas reinhardtii mastigoneme filament | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Mastigoneme / Glycosylated hydroxyproline | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Dai, J. / Ma, M. / Zhang, R. / Brown, A. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Mastigoneme structure reveals insights into the O-linked glycosylation code of native hydroxyproline-rich helices. 著者: Jin Dai / Meisheng Ma / Qingwei Niu / Robyn J Eisert / Xiangli Wang / Poulomi Das / Karl F Lechtreck / Susan K Dutcher / Rui Zhang / Alan Brown / 要旨: Hydroxyproline-rich glycoproteins (HRGPs) are a ubiquitous class of protein in the extracellular matrices and cell walls of plants and algae, yet little is known of their native structures or ...Hydroxyproline-rich glycoproteins (HRGPs) are a ubiquitous class of protein in the extracellular matrices and cell walls of plants and algae, yet little is known of their native structures or interactions. Here, we used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of the hydroxyproline-rich mastigoneme, an extracellular filament isolated from the cilia of the alga Chlamydomonas reinhardtii. The structure demonstrates that mastigonemes are formed from two HRGPs (a filament of MST1 wrapped around a single copy of MST3) that both have hyperglycosylated poly(hydroxyproline) helices. Within the helices, O-linked glycosylation of the hydroxyproline residues and O-galactosylation of interspersed serine residues create a carbohydrate casing. Analysis of the associated glycans reveals how the pattern of hydroxyproline repetition determines the type and extent of glycosylation. MST3 possesses a PKD2-like transmembrane domain that forms a heteromeric polycystin-like cation channel with PKD2 and SIP, explaining how mastigonemes are tethered to ciliary membranes. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b4h.cif.gz | 970.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b4h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9b4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/9b4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/9b4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 ABX
#1: タンパク質 | 分子量: 206316.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: CC-4402 / 参照: UniProt: A8J9H7 #2: タンパク質 | | 分子量: 868021.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: CC-4402 / 参照: UniProt: A0A2K3DRP3 |
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-糖 , 8種, 245分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose #5: 多糖 | beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 #6: 多糖 | beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L- ...beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose | タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1074.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #7: 多糖 | beta-L-arabinofuranose-(1-4)-beta-L-ribulofuranose | タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #8: 多糖 | beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L- ...beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose-(5-5)-beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose | タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 810.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #9: 糖 | ChemComp-A1AIO / タイプ: L-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #10: 糖 | ChemComp-GLA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mastigoneme filament / タイプ: COMPLEX 詳細: Mastigoneme filaments copurified with doublet microtubules isolated from C. reinhardtii cilia Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: CC-4402 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: Buffer contained protease inhibitors | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Unknown concentration. Copurified with doublet microtubules. | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 39 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 735338 |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 687452 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 空間: REAL |
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |