PDB-9axz: geranine G-induced 2N4R tau filaments

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9axz

タイトル

geranine G-induced 2N4R tau filaments

要素

Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

キーワード

PROTEIN FIBRIL / microtubule / amyloid / tauopathy

機能・相同性

Activation of AMPK downstream of NMDARs / PKR-mediated signaling / : / Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Malyshka, D. / Kuret, J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Submission name: Cryo-EM visualization of tau aggregation inducer-interaction sites reveals triggers of tau fibrillation and drivers of small-molecule binding
著者: Malyshka, D. / Kuret, J.

履歴

登録	2024年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年9月10日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9axz.cif.gz	110.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9axz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9axz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9axz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9axz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9axz_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	9axz_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/9axz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/9axz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	43977MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

B: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

C: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

D: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

E: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

F: Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau

ヘテロ分子

277 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Isoform Tau-F of Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau 分子量: 45919.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPT, MAPTL, MTBT1, TAU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RP / 参照: UniProt: P10636-8
#2: 化合物	ChemComp-A1AHG / 4-hydroxy-3-{(E)-[4-(6-methyl-1,3-benzothiazol-2-yl)phenyl]diazenyl}naphthalene-2,7-disulfonic acid 分子量: 555.603 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₇N₃O₇S₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素

名称: 2N4R tau in complex with geranine G dye, its inducer
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 96.4 kDa/nm / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 RP

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: All components outside of protein listed above.

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	125 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	10 mM	HEPES	C₈H₁₈N₂O₄S	1
3	5 mM	dithiothreitol	C₄H₁₀O₂S₂	1
4	100 uM	geranine G	C₂₄H₁₅N₃Na₂O₇S₃	1

試料

濃度: 2.29 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This sample was aggregated at 50 uM protein and 100 uM geranine G dye.

試料支持

詳細: 20 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

画像処理

詳細: Images were low-pass filtered to 16 Angstroms for manual picking.

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -1.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.73 Å / らせん対称軸の対称性: C1

粒子像の選択

選択した粒子像数: 150816 / 詳細: Manual picking

3次元再構成

解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17652 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	2799
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.657	3783
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.828	353
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.062	420
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	453

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