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- PDB-9axu: Non-translating S. pombe ribosome large subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9axu
タイトルNon-translating S. pombe ribosome large subunit
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 40
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Non-translating / 60S / Large subunit / S. pombe / Schizosasccharomyces pombe
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit assembly / ribonuclease MRP complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome / tRNA processing ...cytosolic large ribosomal subunit assembly / ribonuclease MRP complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome / tRNA processing / pre-mRNA intronic binding / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily ...Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein uL22A ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL19B / Large ribosomal subunit protein eL21B / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein uL30C / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL18B / Large ribosomal subunit protein eL24B / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL6B / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL36B / Large ribosomal subunit protein eL37B / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL14B / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein uL2C / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein uL3A / Large ribosomal subunit protein eL30A / Large ribosomal subunit protein uL15B / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL32A / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL16A / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL23A / Large ribosomal subunit protein eL18B / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL34B / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL15B / Large ribosomal subunit protein eL38A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL42
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Gluc, M. / Gemin, O. / Purdy, M. / Mattei, S. / Jomaa, A.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
American Cancer Society 米国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ribosomes hibernate on mitochondria during cellular stress.
著者: Olivier Gemin / Maciej Gluc / Higor Rosa / Michael Purdy / Moritz Niemann / Yelena Peskova / Simone Mattei / Ahmad Jomaa /
要旨: Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated ...Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated by mitochondrial fragmentation and sequestration of cytosolic ribosomes on mitochondria. This cellular adaptation promotes survival under harsh environmental conditions; however, the underlying mechanism of this response remains unknown. Here, we demonstrate that upon glucose depletion protein synthesis is halted. Cryo-electron microscopy structure of the ribosomes show that they are devoid of both tRNA and mRNA, and a subset of the particles depicted a conformational change in rRNA H69 that could prevent tRNA binding. Our in situ structural analyses reveal that the hibernating ribosomes tether to fragmented mitochondria and establish eukaryotic-specific, higher-order storage structures by assembling into oligomeric arrays on the mitochondrial surface. Notably, we show that hibernating ribosomes exclusively bind to the outer mitochondrial membrane via the small ribosomal subunit during cellular stress. We identify the ribosomal protein Cpc2/RACK1 as the molecule mediating ribosomal tethering to mitochondria. This study unveils the molecular mechanism connecting mitochondrial stress with the shutdown of protein synthesis and broadens our understanding of cellular responses to nutrient scarcity and cell quiescence.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Large ribosomal subunit protein eL42
1: Large ribosomal subunit protein eL43A
2: 28S ribosomal RNA
3: 5S ribosomal RNA
4: 5.8S ribosomal RNA
N: Large ribosomal subunit protein uL2C
O: Large ribosomal subunit protein uL3A
P: Large ribosomal subunit protein uL4A
Q: Large ribosomal subunit protein uL18B
R: Large ribosomal subunit protein eL6
S: Large ribosomal subunit protein uL30C
T: Large ribosomal subunit protein eL8
U: Large ribosomal subunit protein uL6B
V: Large ribosomal subunit protein uL16A
W: Large ribosomal subunit protein uL5A
X: Large ribosomal subunit protein eL13
Y: Large ribosomal subunit protein eL14
Z: Large ribosomal subunit protein eL15B
a: Large ribosomal subunit protein uL13A
b: Large ribosomal subunit protein uL22A
c: Large ribosomal subunit protein eL18B
d: Large ribosomal subunit protein eL19B
e: Large ribosomal subunit protein eL20A
f: Large ribosomal subunit protein eL21B
g: Large ribosomal subunit protein eL22
h: Large ribosomal subunit protein uL14B
i: Large ribosomal subunit protein eL24B
j: Large ribosomal subunit protein uL23A
k: Large ribosomal subunit protein uL24
l: Large ribosomal subunit protein eL27A
m: Large ribosomal subunit protein uL15B
n: Large ribosomal subunit protein eL29
o: Large ribosomal subunit protein eL30A
p: Large ribosomal subunit protein eL31
q: Large ribosomal subunit protein eL32A
r: Large ribosomal subunit protein eL33A
s: Large ribosomal subunit protein eL34B
t: Large ribosomal subunit protein uL29
u: Large ribosomal subunit protein eL36B
v: Large ribosomal subunit protein eL37B
w: Large ribosomal subunit protein eL38A
x: Large ribosomal subunit protein eL39
y: Large ribosomal subunit protein eL28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,009,666143
ポリマ－2,007,11343
非ポリマー2,554100
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
Large ribosomal subunit protein ... , 40種, 40分子 01NOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmno...

#1: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12239.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTI8
#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43A / L37A


分子量: 10444.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9HGL8
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2C / 60S ribosomal protein L2-C / K37 / K5 / KD4


分子量: 27151.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT72
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3A


分子量: 43889.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P40372
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4A / 60S ribosomal protein L4-A / L2


分子量: 39839.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P35679
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18B / 60S ribosomal protein L5-B


分子量: 33538.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74306
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6


分子量: 21285.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79071
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30C / 60S ribosomal protein L7-C


分子量: 28780.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O60143
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / L4 / L7A


分子量: 28659.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13672
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6B / 60S ribosomal protein L9-B


分子量: 21413.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74905
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16A / QM protein homolog / SpQM


分子量: 25421.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09127
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5A


分子量: 19928.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT77
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 23578.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74175
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 15241.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94238
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL15B / 60S ribosomal protein L15-B / SP-L12


分子量: 23878.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9US22
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13A / 60S ribosomal protein L16-A


分子量: 22050.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42848
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22A


分子量: 20854.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14339
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18B / 60S ribosomal protein L18-B


分子量: 21234.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q8TFH1
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19B / 60S ribosomal protein L19-B


分子量: 22813.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42699
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20A / YL17


分子量: 20642.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT68
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21B / 60S ribosomal protein L21-B


分子量: 18390.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42706
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 13344.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09668
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14B / 60S ribosomal protein L23-B


分子量: 14905.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT61
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24B / 60S ribosomal protein L24-B


分子量: 16957.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74884
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23A


分子量: 15870.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10330
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 14375.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P78946
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL27A


分子量: 15421.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14388
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15B / 60S ribosomal protein L28-B


分子量: 16723.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P57728
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL29 / L43


分子量: 7224.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q92366
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30A / 60S ribosomal protein L30-1 / L32


分子量: 11610.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P52808
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 13290.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9URX6
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32A


分子量: 14491.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79015
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL33A / 60S ribosomal protein L33-A / L37A


分子量: 12212.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USX4
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34B / 60S ribosomal protein L34-2 / 60S ribosomal protein L34-B


分子量: 12828.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9URT8
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14333.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74904
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL36B


分子量: 11287.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94658
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37B / L37-2 / YL27


分子量: 10112.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05733
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL38A


分子量: 8511.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USR7
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39 / YL36


分子量: 6326.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05767
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL28 / Probable 60S ribosomal protein L28e


分子量: 14781.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14069

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 234

#3: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1129828.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 157310483
#4: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 78518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 157310380
#5: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 52880.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 288694

-
非ポリマー , 2種, 100分子

#44: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#45: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Non-translating S. pombe ribosome large subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 820453 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 37.14 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0018133233
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5028196871
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.034224732
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003612022
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.221948742

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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