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- PDB-8zwf: cryoEM structure of JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zwf
タイトルcryoEM structure of JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex
要素
  • Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562
  • anti-BRIL Fab HC
  • anti-BRIL Fab LC
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement receptor / C3aR / Non-peptide agonist / JR14a
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation ...complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of autophagosome maturation / heat generation / norepinephrine binding / Adrenoceptors / positive regulation of neutrophil chemotaxis / blood circulation / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / azurophil granule membrane / response to psychosocial stress / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / diet induced thermogenesis / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / smooth muscle contraction / bone resorption / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / brown fat cell differentiation / neuronal dense core vesicle / specific granule membrane / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / receptor-mediated endocytosis / response to cold / Regulation of Complement cascade / Peptide ligand-binding receptors / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-mediated signaling / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / chemotaxis / positive regulation of angiogenesis / mitotic spindle / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule cytoskeleton / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription by RNA polymerase II / early endosome / electron transfer activity / periplasmic space / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / cilium / ciliary basal body / apical plasma membrane / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C3a anaphylatoxin chemotactic receptor / Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...C3a anaphylatoxin chemotactic receptor / Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-2 adrenergic receptor / Soluble cytochrome b562 / C3a anaphylatoxin chemotactic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Luo, P. / Xu, Y. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the agonist activity of the nonpeptide modulator JR14a on C3aR.
著者: Ping Luo / Wenwen Xin / Shimeng Guo / Xin Li / Qing Zhang / Youwei Xu / Xinheng He / Yue Wang / Wenjia Fan / Qingning Yuan / Kai Wu / Wen Hu / Youwen Zhuang / H Eric Xu / Xin Xie /
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562
C: anti-BRIL Fab LC
D: anti-BRIL Fab HC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,0234
ポリマ－122,4903
非ポリマー5331
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor,C3a anaphylatoxin chemotactic receptor,Soluble cytochrome b562 / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor / C3AR / C3a-R / Cytochrome b-562


分子量: 72253.016 Da / 分子数: 1 / 変異: E27Q,M29W,H124I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR, C3AR1, AZ3B, C3R1, HNFAG09, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07550, UniProt: Q16581, UniProt: P0ABE7
#2: 抗体 anti-BRIL Fab LC


分子量: 25915.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 anti-BRIL Fab HC


分子量: 24321.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-A1D9A / (2~{S})-5-[bis(azanyl)methylideneamino]-2-[[5-[bis(4-chlorophenyl)methyl]-3-methyl-thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanoic acid / JR14a


分子量: 533.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26Cl2N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: JR14a bound C3aR-BRIL-BAG2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150052 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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