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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zfk | |||||||||
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タイトル | Caenorhabditis elegans ACR-23 in betaine and monepantel bound state | |||||||||
![]() | Betaine receptor acr-23,Soluble cytochrome b562 | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ion channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / electron transport chain / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / periplasmic space / electron transfer activity ...Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / electron transport chain / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / iron ion binding / synapse / heme binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | |||||||||
![]() | Chen, Q.F. / Liu, F.L. / Li, T.Y. / Gong, H.H. / Guo, F. / Liu, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of acetylcholine receptor like-23 (ACR-23) activation by anthelmintics monepantel and betaine 著者: Liu, F.L. / Li, T.Y. / Gong, H.H. / Guo, F. / Liu, S. / Chen, Q.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 439.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 60063MC ![]() 8zflC ![]() 8zfmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 DABCE
#1: タンパク質 | 分子量: 70582.281 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 387-500 correspond to the bril expression tag, whereas resides 604-609 correspond to the thrombin cleavage site, resides 599-603 and 610-612 correspond to flexible linkers, resides ...詳細: Residues 387-500 correspond to the bril expression tag, whereas resides 604-609 correspond to the thrombin cleavage site, resides 599-603 and 610-612 correspond to flexible linkers, resides 613-620 correspond to the strep ll tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: acr-23, 5E130, F59B1.9, cybC 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: G5EG88, UniProt: P0ABE7 |
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-糖 , 2種, 15分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 3種, 25分子 ![](data/chem/img/BET.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-A1D8E / ~{ 分子量: 473.392 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H13F6N3O2S #5: 化合物 | ChemComp-BET / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: acetylcholine receptor like-23(ACR-23) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.067 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() 細胞: sf9 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219723 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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