PDB-8zdm: Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-free vertex (gp8)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zdm

タイトル

Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-free vertex (gp8)

要素

Major capsid protein (gp8)

キーワード

VIRAL PROTEIN / Mycobacteriophage / phage structure / Icosahedral / cryo-EM / protein assembly / VIRUS

生物種

Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.22 Å

データ登録者

Maharana, J. / Wang, C.H. / Tsai, L.A. / Lowary, T.L. / Ho, M.C.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacteriophage cryo-EM studies reveal the siphophage architecture at the amino acid level and its host interaction for viral genome ejection
著者: Maharana, J. / Wang, C.H. / Tsai, L.A. / Lowary, T.L. / Ho, M.C.

履歴

登録	2024年5月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zdm.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zdm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zdm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zdm_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zdm_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8zdm_validation.xml.gz	284.3 KB	表示
CIF形式データ	8zdm_validation.cif.gz	431.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/8zdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/8zdm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39990MC 39973C 39974C 39975C 39976C 39977C 39978C 39979C 39980C 39981C 39982C 39983C 39984C 39985C 39986C 39987C 39988C 39989C 39991C 39992C 39993C 39994C 39995C 39996C 39997C 39998C 39999C 60000C 60001C 60002C 60003C 60004C 60005C 60714C 60715C 8zdhC 8zdiC 8zdjC 8zdkC 8zdlC 8zdnC 8zdoC 8zdpC 8zdqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

1: Major capsid protein (gp8)

2: Major capsid protein (gp8)

3: Major capsid protein (gp8)

4: Major capsid protein (gp8)

5: Major capsid protein (gp8)

6: Major capsid protein (gp8)

M: Major capsid protein (gp8)

N: Major capsid protein (gp8)

O: Major capsid protein (gp8)

P: Major capsid protein (gp8)

Q: Major capsid protein (gp8)

R: Major capsid protein (gp8)

m: Major capsid protein (gp8)

n: Major capsid protein (gp8)

o: Major capsid protein (gp8)

p: Major capsid protein (gp8)

q: Major capsid protein (gp8)

r: Major capsid protein (gp8)

T: Major capsid protein (gp8)

U: Major capsid protein (gp8)

V: Major capsid protein (gp8)

W: Major capsid protein (gp8)

X: Major capsid protein (gp8)

Y: Major capsid protein (gp8)

t: Major capsid protein (gp8)

u: Major capsid protein (gp8)

v: Major capsid protein (gp8)

w: Major capsid protein (gp8)

x: Major capsid protein (gp8)

y: Major capsid protein (gp8)

1.23 MDa, 30 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... Major capsid protein (gp8) 分子量: 40904.098 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 430 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	cryoSPARC	粒子像選択
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 4.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3700 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	86505
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.505	118050
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	13.052	30850
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	14235
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	15290

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)