+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8z4d | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the S-ring region of the Vibrio flagellar MS-ring protein FliF with 34-fold symmetry applied | |||||||||||||||
要素 | Flagellar M-ring protein,Flagellar motor switch protein FliG | |||||||||||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / Complex / Rotor | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Vibrio alginolyticus (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Takekawa, N. / Nishikino, T. / Kishikawa, J. / Hirose, M. / Kato, T. / Imada, K. / Homma, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural analysis of S-ring composed of FliFG fusion proteins in marine Vibrio polar flagellar motors 著者: Takekawa, N. / Nishikino, T. / Kishikawa, J. / Hirose, M. / Kinoshita, M. / Kojima, S. / Minamino, T. / Uchihashi, T. / Kato, T. / Imada, K. / Homma, M. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8z4d.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8z4d.ent.gz | 878.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8z4d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8z4d_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8z4d_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8z4d_validation.xml.gz | 137.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8z4d_validation.cif.gz | 176.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z4d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39761MC 8z4gC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104416.828 Da / 分子数: 34 / 変異: G214S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア) 株: 138-2 遺伝子: fliF, Vag1382_20710, fliG, AL468_14360, JOS67_04865 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q75N27, UniProt: A0A0T7EAG0 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homomeric 34mer of FliFG fusion protein of Vibrio alginolyticus タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 104 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: 138-2 | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 7.3 sec. / 電子線照射量: 49.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 実像数: 6372 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2059366 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C34 (34回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43546 / 対称性のタイプ: POINT |