+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8z3s | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Activation mechanism and novel binding site of the BKCa channel activator CTIBD | ||||||||||||
![]() | Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 | ||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / BKca channel / Slo1 / CTIBD | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / cGMP effects / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / regulation of membrane potential / caveola / response to calcium ion / vasodilation / actin binding / postsynaptic membrane / response to hypoxia / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
![]() | Lee, N. / Kim, S. / Jo, H. / Lee, N.Y. / Jin, M.S. / Park, C.S. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Activation mechanism and novel binding site of the BKCa channel activator CTIBD 著者: Lee, N. / Kim, S. / Jo, H. / Lee, N.Y. / Jeong, P. / Pagire, H.S. / Pagire, S.H. / Ahn, J.H. / Jin, M.S. / Park, C.S. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 652.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39753MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 125541.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-A1L04 / 分子量: 355.696 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H9ClF3NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-Y01 / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 (Slo1) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.5 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 5.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 13.67 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 4806 |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 700885 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288878 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6V38 Accession code: 6V38 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|