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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yy8 | |||||||||
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タイトル | Fzd7 -Gs complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GPCR / Class F / Frizzled / Fzd7 / Frizzled 7 / Fzd7-Gs complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / mesenchymal to epithelial transition / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / somatic stem cell division / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt receptor activity / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping ...negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / mesenchymal to epithelial transition / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / somatic stem cell division / non-canonical Wnt signaling pathway / Wnt receptor activity / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell-substrate adhesion / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / stem cell population maintenance / canonical Wnt signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of phosphorylation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / Asymmetric localization of PCP proteins / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of JNK cascade / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / neuron differentiation / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / recycling endosome membrane / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / T cell differentiation in thymus / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, B. / Xu, L. / Han, G.W. / Xu, F. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of constitutively active human Frizzled 7 in complex with heterotrimeric G. 著者: Lu Xu / Bo Chen / Hannes Schihada / Shane C Wright / Ainoleena Turku / Yiran Wu / Gye-Won Han / Maria Kowalski-Jahn / Pawel Kozielewicz / Carl-Fredrik Bowin / Xianjun Zhang / Chao Li / Michel ...著者: Lu Xu / Bo Chen / Hannes Schihada / Shane C Wright / Ainoleena Turku / Yiran Wu / Gye-Won Han / Maria Kowalski-Jahn / Pawel Kozielewicz / Carl-Fredrik Bowin / Xianjun Zhang / Chao Li / Michel Bouvier / Gunnar Schulte / Fei Xu / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yy8.cif.gz | 233.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yy8.ent.gz | 179.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yy8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yy8_validation.pdf.gz | 745.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yy8_full_validation.pdf.gz | 750.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8yy8_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yy8_validation.cif.gz | 53.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/8yy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yy/8yy8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31340MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28907.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37416.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62873 |
#3: タンパク質 | 分子量: 10366.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59768 |
#4: タンパク質 | 分子量: 16054.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#5: タンパク質 | 分子量: 66213.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75084 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human Frizzled 7 in complex with heterotrimeric Gs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224750 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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