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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yr3 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human ABCB6 in complex with Cd(II):GSH | ||||||||||||
要素 | ATP-binding cassette sub-family B member 6 | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Cryo-EM / ABC transporter / ATP-binding cassette transporter B6 / ABCB6 / heme biosynthesis / heavy metal detoxification / glutathione / phytochelatin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme transport / heme metabolic process / porphyrin-containing compound biosynthetic process ...Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme transport / heme metabolic process / porphyrin-containing compound biosynthetic process / melanosome assembly / heme transmembrane transport / ABC-type heme transporter activity / melanosome membrane / multivesicular body membrane / endolysosome membrane / mitochondrial envelope / vacuolar membrane / skin development / efflux transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / brain development / transmembrane transport / early endosome membrane / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / endosome / lysosomal membrane / Golgi membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Choi, S.H. / Lee, S.S. / Lee, H.Y. / Kim, S. / Kim, J.W. / Jin, M.S. | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of cadmium-bound human ABCB6. 著者: Seung Hun Choi / Sang Soo Lee / Hyeon You Lee / Subin Kim / Ji Won Kim / Mi Sun Jin / 要旨: ATP-binding cassette transporter B6 (ABCB6), a protein essential for heme biosynthesis in mitochondria, also functions as a heavy metal efflux pump. Here, we present cryo-electron microscopy ...ATP-binding cassette transporter B6 (ABCB6), a protein essential for heme biosynthesis in mitochondria, also functions as a heavy metal efflux pump. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human ABCB6 bound to a cadmium Cd(II) ion in the presence of antioxidant thiol peptides glutathione (GSH) and phytochelatin 2 (PC2) at resolutions of 3.2 and 3.1 Å, respectively. The overall folding of the two structures resembles the inward-facing apo state but with less separation between the two halves of the transporter. Two GSH molecules are symmetrically bound to the Cd(II) ion in a bent conformation, with the central cysteine protruding towards the metal. The N-terminal glutamate and C-terminal glycine of GSH do not directly interact with Cd(II) but contribute to neutralizing positive charges of the binding cavity by forming hydrogen bonds and van der Waals interactions with nearby residues. In the presence of PC2, Cd(II) binding to ABCB6 is similar to that observed with GSH, except that two cysteine residues of each PC2 molecule participate in Cd(II) coordination to form a tetrathiolate. Structural comparison of human ABCB6 and its homologous Atm-type transporters indicate that their distinct substrate specificity might be attributed to variations in the capping residues situated at the top of the substrate-binding cavity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yr3.cif.gz | 240.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yr3.ent.gz | 190.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yr3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yr3_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yr3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yr3_validation.xml.gz | 50.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yr3_validation.cif.gz | 73.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/8yr3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71719.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB6, MTABC3, PRP, UMAT 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NP58, ABC-type heme transporter #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CD / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homodimer complex of ATP-binding cassette transporter B6 in complex with Cd(II):GSH タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 143.2 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS TALOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 402369 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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