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万見
- PDB-8ynm: Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ynm
タイトルStructure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly
要素
  • CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
  • Caspase-8 subunit p10
キーワードAPOPTOSIS / FADD / caspase-8 / cellular FLICE-like inhibitory protein / Death effector domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / CD95 death-inducing signaling complex ...negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / caspase-8 / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / CD95 death-inducing signaling complex / Apoptotic execution phase / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / ripoptosome / regulation of necroptotic process / TRIF-mediated programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / positive regulation of extracellular matrix organization / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / self proteolysis / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / response to cobalt ion / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of hepatocyte proliferation / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / skeletal muscle tissue regeneration / CLEC7A/inflammasome pathway / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / natural killer cell activation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of apoptosis / response to anesthetic / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of innate immune response / response to testosterone / positive regulation of proteolysis / B cell activation / macrophage differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / response to tumor necrosis factor / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / pyroptotic inflammatory response / cellular response to dexamethasone stimulus / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / positive regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / skeletal muscle tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to nitric oxide / cysteine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / : / cellular response to epidermal growth factor stimulus / T cell activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of NF-kappa B signaling / cellular response to estradiol stimulus / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / protein maturation / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of neuron projection development / protein processing / Regulation of necroptotic cell death / enzyme activator activity / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / lamellipodium / heart development / cell body / protease binding / scaffold protein binding / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / cellular response to hypoxia / cytoskeleton / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. ...Caspase-8 / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Lin, S.-C. / Yang, C.-Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Other government 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reverse hierarchical DED assembly in the cFLIP-procaspase-8 and cFLIP-procaspase-8-FADD complexes.
著者: Chao-Yu Yang / Yi-Chun Tseng / Yi-Fan Tu / Bai-Jiun Kuo / Li-Chung Hsu / Chia-I Lien / You-Sheng Lin / Yin-Ting Wang / Yen-Chen Lu / Tsung-Wei Su / Yu-Chih Lo / Su-Chang Lin /
要旨: cFLIP, a master anti-apoptotic regulator, targets the FADD-induced DED complexes of procaspase-8 in death receptor and ripoptosome signaling pathways. Several tumor cells maintain relatively high ...cFLIP, a master anti-apoptotic regulator, targets the FADD-induced DED complexes of procaspase-8 in death receptor and ripoptosome signaling pathways. Several tumor cells maintain relatively high levels of cFLIP in achieving their immortality. However, understanding the three-dimensional regulatory mechanism initiated or mediated by elevated levels of cFLIP has been limited by the absence of the atomic coordinates for cFLIP-induced DED complexes. Here we report the crystal plus cryo-EM structures to uncover an unconventional mechanism where cFLIP and procaspase-8 autonomously form a binary tandem DED complex, independent of FADD. This complex gains the ability to recruit FADD, thereby allosterically modulating cFLIP assembly and partially activating caspase-8 for RIPK1 cleavage. Our structure-guided mutagenesis experiments provide critical insights into these regulatory mechanisms, elucidating the resistance to apoptosis and necroptosis in achieving immortality. Finally, this research offers a unified model for the intricate bidirectional hierarchy-based processes using multiprotein helical assembly to govern cell fate decisions.
履歴
登録2024年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
A: Caspase-8 subunit p10
B: Caspase-8 subunit p10
C: Caspase-8 subunit p10
H: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
I: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
J: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
K: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
G: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
F: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43
N: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,60311
ポリマ－332,60311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43


分子量: 20878.479 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFLAR, CASH, CASP8AP1, CLARP, MRIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15519
#2: タンパク質 Caspase-8 subunit p10


分子量: 55191.648 Da / 分子数: 3 / Mutation: F122G, L123G, C360A, D374A, D384A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14790
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
180 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTris(HOCH2)3CNH21
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 80

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3EPU画像取得
5cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 246000
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28464 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00215821
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.37621195
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.1932089
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0342484
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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