PDB-8yfc: Human PIEZO1-A1988V-MDFIC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8yfc

タイトル

Human PIEZO1-A1988V-MDFIC

要素

MyoD family inhibitor domain-containing protein
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Human PIEZO1

機能・相同性

機能・相同性情報

mechanosensitive monoatomic cation channel activity / positive regulation of viral transcription / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / Tat protein binding / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Zhang, M.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure of human PIEZO1 and its slow inactivating channelopathy mutants.
著者: Shan, Y. / Guo, X. / Zhang, M. / Chen, M. / Li, Y. / Zhang, M.F. / Pei, D.

履歴

登録	2024年2月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8yfc.cif.gz	781.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8yfc.ent.gz	598.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8yfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39219MC 39205C 39223C 60479C 60481C 8yezC 8yfgC 8zu3C 8zu8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

B: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

D: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

C: MyoD family inhibitor domain-containing protein

E: MyoD family inhibitor domain-containing protein

F: MyoD family inhibitor domain-containing protein

ヘテロ分子

944 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / Membrane protein induced by beta-amyloid treatment / Mib / Protein FAM38A 分子量: 287094.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIEZO1, FAM38A, KIAA0233 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92508
#2: タンパク質	MyoD family inhibitor domain-containing protein / I-mfa domain-containing protein / hIC 分子量: 25814.113 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDFIC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P1T7
#3: 化合物	ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン分子量: 170.335 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-L9Q / (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-stearoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / [S,(-)]-1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-D-グリセロ-ル3-(りん酸2-アミノエチル) 分子量: 746.050 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₈₀NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Human PIEZO1-A1988V-MDFIC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: FEI TECNAI 10
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40207 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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